Question

我有一个包含此内容的文件（标签分隔）：

bin_id  chr bin EURO.hz
chrF1_17700000  chrF1   17700000    102
chrF1_17800000  chrF1   17800000    199
chrF1_17900000  chrF1   17900000    398
chrF1_18000000  chrF1   18000000    410
chrF1_18100000  chrF1   18100000    342
chrF1_18200000  chrF1   18200000    447

我加载它：

jo <- read.table("tmp.tsv",header=T,row.names=1,sep="\t")

一切都很顺利。

然后，当我这样做时：

jo["chrF1_1800",]

我得到了行名＆＃34; chrF1_18000000＆＃34;：

                 chr      bin EURO.hz
chrF1_18000000 chrF1 18000000     410

请注意不同数量的零。重新解决问题：虽然行名称＆＃34; chrF1_180000＆＃34;或＆＃34; chrF1_180＆＃34;不存在，R返回＆＃34; chrF1_18000000＆＃34;。

我在不同的R版本（3.0.1（2013-05-16）和R版本2.15.2（2012-10-26））的两台不同的机器（linux，mac）中试过这个。

这种行为对我来说完全出乎意料（并且我的脚本中有许多错误）。这是一个错误???

谢谢！费德里科

Answer 1

按行名称子集data.frame使用部分匹配，如documentation中所述：

[和[[提取方法部分匹配行名称]。默认情况下既不是部分匹配列名，也不是[[如果精确= FALSE （如果精确= NA，则发出警告）。如果你想要完全匹配行名称使用匹配，如示例中所示。

如果您想要完全匹配，可以使用match功能，例如：

# partial matching does not work
jo[match("chrF1_18000",row.names(jo)),] 
#       chr bin EURO.hz
#   NA <NA>  NA      NA

# exact matching works
jo[match("chrF1_18000000",row.names(jo)),]
#                   chr      bin EURO.hz
#  chrF1_18000000 chrF1 18000000     410

Answer 2

或使用subset

 subset(jo, rownames(jo)=="chrF1_1800")
 #[1] chr     bin     EURO.hz
 #<0 rows> (or 0-length row.names)
 subset(jo, rownames(jo)=="chrF1_18000000")
   #             chr      bin EURO.hz
  #chrF1_18000000 chrF1 18000000     410

grep

 jo[grep("\\<chrF1_1800\\>",row.names(jo)),]
 #[1] chr     bin     EURO.hz
 #<0 rows> (or 0-length row.names)

行名称的结果非常奇怪。这是一个错误吗？

2 个答案: