Question

早上好，我在使用子程序时遇到了麻烦 - 如果我将某些代码放入子程序中，它会引发错误＆＃34;在数组元素中使用未初始化的值$ i＆＃34;。

我的脚本非常长，所以我只发布我认为相关的位。

我调用的子程序在＆amp; exon_positive_strand下面被注释掉（保存向下滚动）。当我删除子程序并取消注释代码时，我没有错误。我只能想象它与$ i有关，但我不知道是什么......

任何建议都将不胜感激。非常感谢，埃利

my ($value, $col, $col2, $l_o_b, $left, $matchedID, $diff_three_prime, $diff_five_prime, $sequence, @three_prime_ss, @five_prime_ss, @reverse_five, @reverse_three);
my $i = 0;
open (EXONS_five, '>fasta_exons_five_non');
open (EXONS_three, '>fasta_exons_three_non');
foreach my $match(@exonic_matches) { ## works out exon from boundary relative to correct strand direction ##

if ($exon_ID[$i] !~ m/unknown/ && $dupmatches[$i] == 0)
{

$sequence = '';
$value = $exon_ID[$i];
$col = $exon_left{$value};
$col2 = $exon_right{$value};
@three_prime_ss = split(",", $col); ##splits left column into subcolumns 
@five_prime_ss = split(",", $col2); ## splits right columnn into subcolumns
@reverse_three = reverse(@three_prime_ss);
@reverse_five = reverse(@five_prime_ss);
shift(@reverse_five);

if ($strands{$value} =~ m/\+/) {

&exon_positive_strand;

# $diff_three_prime = $LBP[$i] - $three_prime_ss[$exons2{$value} - 1]; ## minus numbers denote a difference to the left (i.e. upsteam)
# $diff_five_prime = $LBP[$i] - $five_prime_ss[$exons2{$value} - 1]; ## minus numbers denote a difference to the left (i.e. upsteam)
# $matchedID = $ID{$LBP[$i]};

# if ($diff_three_prime !~ m/\-/ && $diff_three_prime <= 3) {

# $BP{$LBP[$i]} =~ s/\[[ACTG]\]/$ref[$i]/i; ## putting variant into 50BP seq

# $l_o_b = 20;
# ##$right_of_boundary = 3;

        # $l_o_b = $l_o_b + $diff_three_prime; 

        # $left = 51 - $l_o_b; 

# $sequence = substr($BP{$LBP[$i]}, $left, 23);
# }

# elsif ($diff_five_prime =~ m/\-/ && $diff_five_prime >= -3) {

# $BP{$LBP[$i]} =~ s/\[[ACTG]\]/$ref[$i]/i; ## putting variant into 50BP seq

# $l_o_b = 3;
# ##$right_of_boundary = 6;

        # $l_o_b = $l_o_b + $diff_five_prime; 

        # $left = 51 - $l_o_b; 

# $sequence = substr( $BP{$LBP[$i]}, $left, 9);
    }
 }

my $seq_length = length($sequence);

if ($seq_length == 9) {

print EXONS_five (">" . "$match_exon{$col_exon_no[$i]}" . "\n", lc($sequence),"\n");    
}
    elsif ($seq_length == 23) {
print EXONS_three (">" . "$match_exon{$col_exon_no[$i]}" . "\n", lc($sequence),"\n");
}
$i++;
}
close (EXONS_five);
close (EXONS_three);

Answer 1

＆＃34;在数组元素中使用未初始化的值＆＃34;这不是一个错误，它是一个警告。 Diagnostics可以告诉你这意味着什么：

（W未初始化）使用未定义的值，就像它已经存在一样       定义。它被解释为＆＃34;＆＃34;或者是0，但也许这是一个错误。       要禁止此警告，请为变量分配定义的值。

为了帮助您弄清楚未定义的内容，perl将尝试告诉您       未定义的变量名称（如果有）。在某些情况下，它不能       这样做，所以它也告诉你使用未定义值的操作       但请注意，perl会优化您的程序和操作       显示在警告中可能不一定会出现在您的警告中       程序。例如，＆＃34;那个$ foo＆＃34;通常被优化为＆＃34;＆＃34;       。 $ foo，警告将引用连接（。）运算符，       即使没有。在你的程序中。

Answer 2

您需要将$i变量传递给子例程：

exon_positive_strand($i);

和

sub exon_positive_strand {
    my $i = shift;
    ...

Perl：$ i的子程序抛出错误

2 个答案: