Question

参考以下代码：

如何选择具有最高值的样本并输出整行。

 Sample      Value      Sequence
 miR1        23213      atatgcgctcg
 miR1        324235     atatctcgct
 miR1        3453       tctgctcg
 miR2        343        tctctgag
 miR2        34535      tctct
 miR2        4324       tctgagag
 ...

输出：

 miR1        324235     atatctcgct
 miR2        34535      tctct

我想我可以在excel中进行一些排序，但有没有办法在perl或命令行中执行此操作？

Answer 1

perl -MList::Util=max -lane'
  $h{$F[0]}{$F[1]} = $_ }{
  print $h{$_}{ max keys %{$h{$_}} } for keys %h
' file

输出

 miR1        324235     atatctcgct
 miR2        34535      tctct

Answer 2

这段代码会将您的输入文件拆分为\s+，并使用第一列作为哈希中的键，该键将获取该键的最大值，因为它是最终值：

use warnings;
use strict;
use Data::Dumper;
$Data::Dumper::Sortkeys = 1;

open my $in, '<', 'in.txt';

my (%data, @split, %keep);

while (<$in>){
    chomp;
    next if /^Sample/;
    s/^\s//;
    @split = split(/\s+/);
    if ( (not exists $data{$split[0]} ) || (abs $data{$split[0]} < abs $split[1] ) ) {
        $data{$split[0]} = $split[1];
        $keep{$split[0]} = [ $split[1], $split[2] ];                     
    }

}

print "$_\t@{$keep{$_}}\n" for sort keys %keep;

miR1    324235 atatctcgct
miR2    34535 tctct

Answer 3

awk解决方案：

awk 'NR>1{ if (a[$1]<$2) {a[$1]=$2;b[a[$1]]=$0} else a[$1]} END {for (i in a) print b[a[i]]}' file
 miR1        324235     atatctcgct
 miR2        34535      tctct

Answer 4

另一个perl单行：

perl -lane '
push @{$h{$F[0]}}, [$F[1], $_] }{ 
print $_->[1] for map { (sort { $b->[0] <=> $a->[0] } @$_)[0] } values %h' file

输出

 miR2        34535      tctct
 miR1        324235     atatctcgct

Answer 5

你可以使用sort，

$ sort -k 2,2n file | tac | head -2
 miR1        324235     atatctcgct
 miR2        34535      tctct

Answer 6

下面的awk命令只会给出最大值的行。

 awk 'BEGIN {IFS= "[ ]*";maxVal=1 } NR>1{ if(maxVal < $2) maxVal = $0 } END {print maxVal  }'  inputFile.txt

输出：

miR1   23213   atatgcgctcg

选择具有最高价值的线

6 个答案: