Question

我需要一些帮助。

第一个文件

0.5
0.4
0.1
0.6
0.9

第二个文件.bam （我必须使用samtools视图）

aaaa bbbb cccc 
aaab bbaa ccaa
hoho jojo toto
sese rere baba
jouj douj trou

我需要输出：

aaaa bbbb cccc
aaab bbaa ccaa
sese rere baba

条件：如果来自第一个文件的$ 1是＆lt; 0.3; 0.6＆gt;从第二个文件中打印相同的行，如果不是，则擦除它。我想从第一个文件的条件得到滤液第二个文件。我更喜欢awk或bash代码，但这并不重要。

第一个文件的条件：

awk '{if($1>0.3 && $1<0.6) {print $0}}'

你能帮助我吗？非常感谢

Answer 1

另一种方式

paste file1 file2 | awk '$1<=0.6&&$1>=0.3{$1="";print substr($0,2) }'

Answer 2

您可以使用awk及其getline功能。它从第二个文件读取行，并且对于每个文件使用getline从第一个文件中读取一行，比较它的数字并打印它是否匹配：

awk '
    BEGIN { f = ARGV[2]; --ARGC } 
    { 
        getline n <f
        if ( (n >= 0.3) && (n <= 0.6) ) { 
            print $0 
        } 
    }
' file2 file1

它产生：

aaaa bbbb cccc
aaab bbaa ccaa
sese rere baba

Answer 3

这是一个awk解决方案：

awk 'FNR==NR {a[NR]=$1;next} a[FNR]>0.3 && a[FNR]<0.6' firstfile secondfile
aaaa bbbb cccc
aaab bbaa ccaa

由于您说sese rere baba而非<0.6

，因此不会打印

<=0.6

awk比较两个文件 - 从第一个文件的条件第二个文件中删除行

3 个答案: