Question

我在scipy.stats中发现了beta.ppf函数实现中的一个错误。它已被确认并标记为其bug重新转换系统中的缺陷。

然而，目前我需要计算β分布的置信区间，因此我需要β函数的逆。由于我不能依赖当前版本的beta.ppf，我需要Python的替代方案。我最好不要自己实现这个功能。

是否有人知道可以从scipy.stats替换beta.ppf函数的函数？

Answer 1

好的，我使用c ++ boost库创建了一个解决方法，该库实现了beta发行版的一个版本。为了使用它，你必须安装boost库并进行编译。之后，您可以使用以下代码来使用它：

betainv.cpp

#include <boost/python.hpp>
#include <boost/math/distributions/beta.hpp>

using namespace boost::python;

class betainvClass {
    public: double betainv(double p, double a, double b);
};

double betainvClass::betainv(double p, double a, double b) { 
    return boost::math::ibeta_inv(a, b, p);
}

// Expose classes and methods to Python
BOOST_PYTHON_MODULE(betainv) {
    class_<betainvClass> ("create_betainv_instance")
        .def("betainv", &betainvClass::betainv)
    ;
}

生成文件：

TARGET = betainv
PYTHON_INC = /usr/local/Cellar/python/2.7.5/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7
PYTHON_LIB = /usr/local/Cellar/python/2.7.5/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/config
BOOST_INC = /usr/local/include
BOOST_LIB = /usr/local/lib

$(TARGET).so: $(TARGET).o
    g++ -shared -Wl \
    $(TARGET).o -L$(BOOST_LIB) -lboost_python \
    -L$(PYTHON_LIB) -lpython2.7 \
    -o $(TARGET).so

$(TARGET).o: $(TARGET).cpp
    g++ -I$(PYTHON_INC) -I$(BOOST_INC) -c $(TARGET).cpp

clean:
    rm -f *.o *.a *.so *~ core

Python示例文件：

import betainv

beta = betainv.create_betainv_instance()
print "0.25, 0.0342, 170 -> " + str(beta.betainv(0.25, 0.0342, 170))
print "0.25, 0.0342, 171 -> " + str(beta.betainv(0.25, 0.0342, 171))
print "0.25, 0.0342, 172 -> " + str(beta.betainv(0.25, 0.0342, 172))

BTW进一步评论。我进行了速度测试并运行了1000次方法。首先使用scipy然后使用我的boost实现。这些结果以毫秒为单位：

required time scipy = 295.145019531
required time c++   = 7.68383789062

boost c ++实现大约快42倍。

替代逆向计算scipy.stats的beta函数

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