Question

我编写了一个数据处理函数，需要将它应用于目录中的大量文件。

该功能适用于单个文件。

    def getfwhm(x):

import numpy as np
st=np.std(x[:,7])
fwhm=2*np.sqrt(2*np.log(2))*st

file=open('all_fwhm2.txt', 'at')

file.write("fwhm = %.6f\n" % (fwhm))
file.close()

file=open('all_fwhm2.txt', 'rt')
print file.read()
file.close()

我现在想要更大规模地使用它。到目前为止，我已经编写了这段代码

    import os
    import fwhmfunction

    files=os.listdir(".")
    fwhmfunction.getfwhm(files)

但是我收到以下错误

    File "fwhmfunction.py", line 11, in getfwhm
    st=np.std(x[:,7])

    TypeError: list indices must be integers, not tuple"

我使用spyder在python中编写。

感谢您的帮助！

Answer 1

本着unix的精神你应该将程序分成两部分：

作用于给定文件的程序
将给定脚本应用于给定文件列表（glob或其他）的程序

所以这是1的样本：

# name: script.py
import sys
File = sys.argv[1]
# do something here
print File

（最好使用argparse来解析args，但我们使用argv来保持简单）

关于第二部分，已经有一个优秀的unix工具：

$ find . -maxdepth 1 -mindepth 1 -name "*.txt" | parallel python2.7 script.py {}

在这里你获得额外的奖励：并行任务执行。

如果您在Windows上，那么您可以在python中编写一些简单的（顺序）：

# name: apply_script_to_glob.py
import sys, os
from glob import glob

Script = sys.argv[1]
Glob   = sys.argv[2]

Files = glob(Glob)

for File in Files:
    os.system("python2.7 " + Script + " " + File)

（我们再次使用argparse也没有检查任何内容以保持简单）。你用

$ python2.7 apply_script_to_glob.py "script.py" "*.txt"

将函数应用于目录中的所有文件

1 个答案: