genfromtxt numpy之后的空字符串

时间:2014-06-24 19:14:11

标签: python string numpy

感谢您的耐心,因为我对python很陌生。输入文件是制表符分隔的表。

import numpy as np
#from StringIO import StringIO

inputfile=raw_input('Filepath please: ')

fieldnames='Reference Position, Type, Length, Reference, Allele, Linkage, Zygosity, \
    Count, Coverage, Frequency, Hyper-allelic, Forward/reverse balance, Average quality, \
    Overlapping annotations, Coding region change, Amino acid change'
fieldtypes='int,str,int,str,str,str,str,int,int,float,str,float,float,str,str,str'

with open(inputfile) as f:
    storage=np.genfromtxt(f, skip_header=1, delimiter='\t', names=fieldnames, dtype=fieldtypes)

print storage

我得到一个ValueError:元组的大小必须匹配字段数。

帮助?


编辑:

好吧,在实施@Wooble的建议之后,再没有错误...

EDIT2:

但现在的问题是,在我打印存储之后,所有dtype str的单元格都是空字符串('')。这是为什么?

EDIT3: 我通过将上面的str类型更改为| S#解决了空字符串问题,其中#是一个整数。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

但现在的问题是,在我打印存储之后,所有dtype str的单元格都是空字符串('')。这是为什么?

EDIT3:我通过将上面的str类型更改为| S#解决了空字符串问题,其中#是一个整数。