Question

我有一些意外的行为，从Bash和RStudio中运行相同的脚本。

请考虑以下事项。我有一个包含两个脚本的文件夹"~/rpython"：

# test1.R

library(rPython)

setwd("~/rpython")

python.load("test1.py")

number <- python.get("number")
string <- python.get("string")

print(sqrt(number))
print(string)

和

# test1.py

import random, nltk

number = random.randint(1, 1000)

string = nltk.word_tokenize('home sweet home')

我可以使用Rscript test1.R从Bash调用我的R脚本，该脚本按预期返回

>> Loading required package: RJSONIO
>> [1] 13.0384
>> [1] "home"  "sweet" "home"

如果我再次调用它将产生不同的随机数

>> Loading required package: RJSONIO
>> [1] 7.211103
>> [1] "home"  "sweet" "home"

但是当我从RStudio运行相同的脚本（test1.R）时，事情变得奇怪了。这里输出

# test1.R
> 
> library(rPython)
Loading required package: RJSONIO
> 
> setwd("~/rpython")
> 
> python.load("test1.py")
Error in python.exec(code, get.exception) : No module named nltk
> 
> number <- python.get("number")
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
NameError: name 'number' is not defined
Error in python.get("number") : Variable not found
> string <- python.get("string")
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
NameError: name 'string' is not defined
Error in python.get("string") : Variable not found
> 
> print(sqrt(number))
Error in print(sqrt(number)) : object 'number' not found
> print(string)
Error in print(string) : object 'string' not found

出于某种原因，当我从RStudio调用脚本时，Python解释器无法找到模块nltk（它似乎与其他pip安装的模块相同）但导入没有问题random。

Answer 1

我也有这个问题。问题是我的bash终端似乎调用的是一个不同于Rstudio的python。我还了解到，如果您只是尝试从rPython调用Python.load（），那么您可能最好使用基础R库中的system（）。

找出你的bash终端正在调用哪个python。转到您的bash终端并运行which python。对我来说（OS X 10.11.5），它是/usr/local/bin/python。现在我们知道了完整路径，我们可以明确地调用它并阻止R选择可能安装在机器某个角落的另一个版本。
使用system()从R而不是python.load()调用bash命令，并使用脚本的完整路径。使用您的示例脚本名称和我的示例python路径，它将是system('/usr/local/bin/python /path/to/file/test.py1')

希望有所帮助！

RStudio不会通过rPython调用加载所有Python模块

1 个答案: