Question

我想将rJava与mcparallel结合使用，但显然the JVM cannot be forked。因此，需要为每个子进程启动单独的JVM实例，例如：

library(rJava)
library(parallel)
myfile <-  system.file("tests", "test_import.xlsx", package = "xlsx")

#This works:
mccollect(mcparallel({
  #Automatically initiates JVM in child
  xlsx::read.xlsx(myfile, 1)
}))

然而，在我的情况下，问题是JVM已经在（主）父进程中启动了。这使得无法在子进程中使用rJava：

#init JVM in parent
.jinit()

#Doesn't work anymore
mccollect(mcparallel({
  xlsx::read.xlsx(myfile, 1)
}))

所以我真正需要的是在子进程中关闭/终止和重启JVM的方法。简单地detach("package:rJava", unload = TRUE)似乎没有做到这一点。 force.init参数似乎不会导致重启：

#Also doesn't work:
.jinit()
mccollect(mcparallel({
  .jinit(force.init = TRUE)
  xlsx::read.xlsx(myfile, 1)
}))

是否有某种方法可以强制关闭/终止JVM以便在子进程中重新启动它？

Answer 1

有一种方法可以使用rJava并行运行表达式，基于运行并行进程来获取和汇总所有结果 BEFORE 在主进程中加载rJava库。由于主R进程尚未启动jvm，因此java在每个子进程中启动，并且此特定实例也将与子进程一起死亡。

# Rsession started
library(parallel)
myfile <-  system.file("tests", "test_import.xlsx", package = "xlsx")
e <- expression({
require(rJava)
require(xlsx)
read.xlsx(myfile, 1)
})
p <- mcparallel(e)
q <- mcparallel(e)
pq <- mccollect(list(p, q))

# again to check reproducibility
p <- mcparallel(e)
q <- mcparallel(e)
pq2 <- mccollect(list(p, q))
identical(unname(pq),unname(pq2))

# see the result if it is the right content and not tryerr
pq

# now the main continues ...
# and if necessary even load rJava

卸载rJava和/或重新启动JVM

1 个答案: