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我有点困惑，你的意思是： “我实际上在应用程序中托管了wcf服务，所以我真的不需要MSBuild为我做这一切”
WCF服务应该是一个单独的（仅限服务器端）解决方案，其中包含仅属于服务器端的所有位。 clickonce应用程序应该是仅客户端的解决方案，您通过创建Web引用，为服务提供URL等来引用WCF服务。
可以将WCF服务（服务器端）与winforms应用程序放在同一个.sln中，只需确保不向WCF服务添加项目引用，通信仅使用Web引用完成。我个人认为完全分离客户端和服务器端项目更加清晰（已经说过在某些情况下在两个解决方案中共享一些项目确实有意义，例如，如果你有一个持久层无知的商业层，那么就可以共享它）。