Question

我想编写一个bash脚本来对我的文件进行成对计算。

我在目录中有一个固定文件和一系列我想用它们进行成对比较的文件。

例如：

固定文件的名称是：Genome.vcf 成对计算的文件名称都在一个目录中：ind_GER，ind_ENG，ind_MRO

我提出了以下脚本：

#!/bin/bash

for pop1 in $(find ind_*)
do
for pop2 in $(find ind_*)
do

 vcftools --gzvcf PATH/Genome.vcf --weir-fst-pop $pop1 --weir-fst-pop $pop2 --out $pop1_$pop2_fst

done
done

我得到的错误是：

Error: Requested Missing Argument

显然，我遇到了问题，如果你能帮助我，我将非常感激，谢谢。

Answer 1

改变这个：

--out $pop1_$pop2_fst

有：

--out ${pop1}_${pop2}_fst

_是变量名中的有效字符。

用于成对比较的Bash脚本

1 个答案: