字符串中字母的频率

Question

我想计算字符串中每个位置的4个字母的频率。字母是A，T，G，C

TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTAT
TAGTAGTTTGTGCTGTTA
TGAGGTAGTAGTTTGTAC
TGAGAACTGAATTCCATAGG

期望的输出：

  Pos1  Pos2  Pos3  and so on. 
A 0     1
T 4     0
C 0     0
G 0     3

到目前为止，我已经使用了一个名为Biostrings的R包，它有效，但是我想知道perl会不会这样做？

Answer 1

记录，

x = "TGAGGTAGTAGTTTGTGCTGTTAT
TAGTAGTTTGTGCTGTTA
TGAGGTAGTAGTTTGTAC
TGAGAACTGAATTCCATAGG"

Biostrings解决方案

library(Biostrings)
consensusMatrix(DNAStringSet(strsplit(x, "\n")[[1]]))

对于数百万个序列来说速度很快。