Question

我试图在R中设置异步系统（）调用。为了使它有用，用户需要一种方法来检查进程是否已经结束。问题是如何测试？在how to run an executable file and then later kill or terminate the same process with R in Windows中，建议似乎是捕获system（）调用之前和之后的所有pid以获取刚刚启动的进程的pid（然后可以用它来测试它是否具有结束），但这似乎是一种容易出错的方式，除了它依赖于操作系统......

是否存在解决此问题的其他方法（不必涉及pid＆＃39;）

编辑：当前场景应该用于：

我正在开发一个Shiny GUI，它可以处理用Java实现的可能非常长时间运行的计算。计算是分批完成的，在这些运行期间，即使R处于空闲状态，GUI也会在等待Java进程完成时被锁定与R服务器进行交互。我想要一种方法来启动Java进程而不是等待它完成（使用wait = FALSE参数），但是有一种故障安全方式来检查它是否已经完成，因此可以相应地更新GUI ... < / p>

Answer 1

如果我们愿意调用系统来启动一个进程，那么这个问题似乎简化了如何将PID转换为Windows中刚刚启动的进程。这不是R特定的问题，而是Windows的一般问题。在SO上查看一些答案，我看到one answer that seems reasonable。处理字符串结果，并获得PID。

或者，您可以使用system（...，wait = FALSE）异步启动另一个Rscript，并让它将自己的PID报告回主机进程（通过文件或套接字）。 Rscript可以反过来进行系统调用，然后在系统调用完成后自行终止。然后你只需要观察包装Rscript的PID。这比锁定文件略好，因为您不必依赖已调用的进程来成功完成清理自己的锁定文件。

我对agstudy的解决方案有一些例外（即使它是关键的）。正如ThomasP85所说，你可以通过系统获得异步操作（...，wait = FALSE）。此外，您可以通过套接字获得异步操作，例如svSocket和parallel（通过单个节点PSOCK群集）。这些基于套接字的方法中没有任何内容与通过rpy2在python中启动的上述延迟调用的基本不同完成。

Answer 2

R甚至不支持多线程系统。所以异步调用它并不是一件容易的事。一种方法是使用支持异步调用的语言调用它。例如python：

使用twisted进行异步操作。
使用rpy2在python函数中调用R调用

这是一个完整的示例，它异步调用2个R函数：

给定一个半径，它在随机时间睡觉后计算周长
给定已计算的周长，它会返回原始半径

这是一个虚拟的例子，但它足够灵活，可以扩展到任何R脚本。

from twisted.internet.defer import Deferred
from twisted.internet import reactor
import rpy2.robjects as robjects

 ## define the functions 
 def get_perimeter(r):
     robjects.r('''
        f <- function(r) {
            Sys.sleep(sample(1:3,1))
            2 * pi * r

        }
        ''')
    r_f = robjects.r['f']
    print  r_f(r)
    return r_f(r)

def get_radius(p):
    robjects.r('''
        f <- function(p)    p/2 / pi
        ''')
    r_f = robjects.r['f']
    print  r_f(p)
    return r_f(p)


def job_done(_):
    from twisted.internet import reactor
    reactor.stop()

## the asynchronous call 
d = Deferred()
d.addCallback(get_perimeter)
d.addCallback(get_radius)
d.addCallback(job_done)


reactor.callWhenRunning(d.callback, 25410)

reactor.run()

如何确定何时以系统（...，wait = FALSE）启动进程已结束

2 个答案: