Question

作为论文研究的一部分，我编写了R代码，用于执行初始数据集的基本探索性数据分析（EDA）。该代码应该以三种格式输出EDA的结果：1） screen （RStudio Plots窗口）; 2） SVG文件（每个图表单个文件）; 3） PDF文件（所有单变量EDA图的一个文件和所有多变量EDA图的另一个文件）。在涵盖所有感兴趣的变量及其关系方面，它仍然是一项正在进行的工作，但基础架构已经设计和实施（使用ggplot2和gridExtra包）。我遇到以下两个问题：

1）当在EDA期间，代码应该在RStudio Plots窗口中显示当前图时，屏幕只是闪烁并且无输出被执行。以下是生成并显示图表的代码 （仅限屏幕和SVG ，请参见下面的PDF输出）[类似的代码块被包装在函数中，返回绘图对象（g），它们形成一个列表，然后传递给lapply()以迭代所有绘图]：

df$var <- factor(df[[colName]])

title <- paste("Projects distribution across", colName, "range")

g <- ggplot(data=df, aes(x=var, fill=var)) +
  geom_bar(stat="bin") +
  scale_fill_discrete(colName) + 
  xlab(colName) +
  ylab("Number of projects") +
  ggtitle(label=title)

if (.Platform$GUI == "RStudio") {print(g); dev.off()}

edaFile <- str_replace_all(string=colName, pattern=" ", repl="")
edaFile <- paste0(EDA_RESULTS_DIR, "/", edaFile, ".svg")
suppressMessages(ggsave(file=edaFile, plot=g))

2）在尝试使用EDA结果打开PDF文件后，它会打开，但会进一步尝试导航（即行或页面滚动）或以其他方式使用它（即更改缩放级别）会导致挂起PDF阅读器程序（Adobe Reader XI），标题栏中包含消息＆＃34; ...（无响应）＆＃34;。有时，经过一段时间后，Adobe Reader会返回响应状态，但会在短时间内返回，直到下一个操作再次将其发送到挂起状态。我注意到Adobe Reader需要时间来显示一个特定的情节，特别是Q-Q情节。只是想提一下，因为它可能会提供额外的见解。以下是代码，将已保存的图输出到PDF文件（这些是保存并显示在屏幕上以及输出到SVG文件的相同图，如上所述）：

edaFilePDF <- paste0(EDA_RESULTS_DIR, "/", "eda-univar.pdf")
mg <- do.call(marrangeGrob, c(allPlots, list(nrow=2, ncol = 1)));
suppressMessages(ggsave(filename=edaFilePDF, mg, width=8.5, height=11))

非常感谢您的帮助！ P.S.我使用 RStudio Server ，因此输出是基于浏览器的。

R图形输出问题：＆＃34;鬼＆＃34;绘图和格式错误的PDF文件

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