通过Python在gawk中使用\ t

时间:2014-06-12 08:04:52

标签: python windows batch-file gawk

我创建了一个创建.bat文件的Python脚本。此.bat文件中的一个命令使用gawk(通过Cygwin,Windows 7安装):

| gawk "{print """exon"""$2"""\t"""$2"""\t"""$3}" >

但是,当在命令提示符(os.system)中运行此批处理文件时,命令行将解释\ t而不是gawk。在命令提示符中,命令如下所示:

 | gawk "{print """exon"""$2"""        """$2"""        """$3}"

如果我直接在命令提示符下执行第一个命令而不通过Python执行它就可以了。那么有没有人知道在没有命令提示解释它的情况下将\ t传递给命令提示符的技巧?

强文

File = open(sample.split('data')[0]+'\\'+sample.split('.fastq\\')[1]+'.bat', 'w')
File.write('bedtools intersect'+\
            ' -a '+sample.split('data_')[0]+'data_'+sample.split('data_')[1].split('\\')[0]+'\\_IlluminaResults\\_circosResults\\etc\\karyotype_Exome.bed'
            ' -b '+sample.split('data_')[0]+'data_'+sample.split('data_')[1].split('\\')[0]+'\\_IlluminaResults\\_processingResults\\'+sample.split('.fastq\\')[1]+'\\'+sample.split('.fastq\\')[1].split('.fastq')[0]+'.processed.merge'
            ' | gawk "{print """exon"""$2"""\t"""$2"""\t"""$3}" > '+sample.split('data_')[0]+'data_'+sample.split('data_')[1].split('\\')[0]+'\\_IlluminaResults\\_processingResults\\'+sample.split('.fastq\\')[1]+'\\'+sample.split('.fastq\\')[1].split('.fastq')[0]+'.circos.exons'+'\n')
File.close()
os.system(sample.split('data')[0]+'\\'+sample.split('.fastq\\')[1]+'.bat')
os.remove(sample.split('data')[0]+'\\'+sample.split('.fastq\\')[1]+'.bat')

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