从文本文件中在python中递归打开文件

Question

我写的python脚本的前几行看起来像这样：

#!/usr/bin/env python

import os
import sys
import subprocess
import csv
import itertools

fin=open("filelist.txt",'r')
print(fin)
for line in fin:
        TARG_FILE = open('fin', 'r')
        spamreader = csv.reader(TARG_FILE, delimiter='\t')
        for line in spamreader:
                print(line[0:6])

其中filelist.txt是与脚本位于同一目录中的文本文件。如果我将fin放在引号中，函数将返回：

  File "VCFParser.py", line 13, in <module>
    TARG_FILE = open('fin', 'r')
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'fin'

但如果我没有引号，我得到：

Traceback (most recent call last):
  File "VCFParser.py", line 11, in <module>
    TARG_FILE = open(fin, 'r')
TypeError: coercing to Unicode: need string or buffer, file found

我怀疑问题与here找到的问题非常相似：

但是，我无法使用那里的信息让脚本工作。

如果我打印（fin），它会返回相应的文件路径以供阅读：

print(fin)
16.31235000.31366000/vcfBeta-GS000012109-ASM.vcf.gz.summary.txt

我在这里缺少什么？

它与filelist.txt文件中每一行末尾的换行符有什么关系吗？

Answer 1

您的问题是您正在将文件对象传递到open函数，而不是您刚刚打开的文件中的字符串。

for line in fin:
    TARG_FILE = open('fin', 'r')

需要替换为

for line in fin:
    TARG_FILE = open(line, 'r')

您的line变量引用了filelist.txt中的每一行，而不是fin。

Answer 2

这两个错误的原因都很清楚。

错误：没有这样的文件或目录：＆＃39; fin＆＃39;

您尝试打开一个名为＆＃39; fin＆＃39;它不见了。

错误：...需要字符串或缓冲区，找到文件

要open，您必须提供文件名。您正在传入文件描述符，这会导致错误。

解决方案：打开真正存在的文件名

万一，你的＆＃34; filelist.txt＆＃34;文件名有行，你可能想打开该行的mofied内容：

#!/usr/bin/env python

import os
import sys
import subprocess
import csv
import itertools

with open("filelist.txt",'r') as fin:
    for line in fin:
        fname = line.strip("\n")
        with open(fname, "r") as TARG_FILE:
            spamreader = csv.reader(TARG_FILE, delimiter='\t')
            for line in spamreader:
                    print(line[0:6])

`strong.strip（＆＃34; \ n＆＃34;）需要去除换行符，这在大多数行中都有用（可能在最后一行中丢失）一个）。

获得的经验：仔细阅读错误消息

错误消息通常很好地解释了原因。

1. 从底部开始
2. 一步一步走，直到从您编写的代码中的语句中得出错误
3. 尽力了解，错误信息的确切含义是什么。
4. 如果需要，试着想象一下，情况是如何在逻辑上将最底层的错误与你编写的代码行连接起来的。

如果我们习惯了他们有点奇怪的谈话方式，我们可能会更快地发现问题。