Question

我正在尝试在R中安装名为topicmodels的软件包，但我没有成功。这是我试过的......

操作：使用install.packages("topicmodels")

安装软件包

结果：

package ‘topicmodels’ is available as a source package but not as a binary

Warning in install.packages :
  package ‘topicmodels’ is not available (for R version 3.1.0)

所以我说好了让我们从源码安装

操作： install.packages("/Users/my_name/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz",repos=NULL,type="source")

结果：

* installing *source* package ‘topicmodels’ ...
** package ‘topicmodels’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c cokus.c -o cokus.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c common.c -o common.o
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c ctm.c -o ctm.o
ctm.c:29:10: fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found

include gsl/gsl_rng.h

1 error generated.
make: *** [ctm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘topicmodels’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/topicmodels’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘/Users/me/Downloads/topicmodels_0.2-1.tar.gz’ had non-zero exit status

然后我研究了这个gsl的事情并且来了this link。目前我认为我的所有问题都已消失，当我最终遵循这些指示时。我收到以下错误（在终端中）......

Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  using pax extended headers
ERROR: cannot extract package from ‘topicmodels.tar.gz’

Answer 1

首先，您必须安装gsl。安装完成后，可以尝试安装R软件包。您可以从here下载gsl（您可以选择最新版本gsl-latest.tar.gz）。下载完成后，请执行以下操作安装它：

解压缩下载的文件（在我的情况下，＆＃34;最新的＆＃34;包含此版本的文件：gsl-1.16）
打开＆＃34;终端＆＃34;
然后（使用终端），移动你在步骤1中创建的文件夹。在我的情况下，我将文件放在名为＆＃34; Downloads＆＃34;的文件夹中，所以我搬到了新的通过执行以下操作创建文件夹：
```
cd Downloads/gsl-1.16
```
进入该文件夹后，运行以下命令（按顺序）：
```
./configure
make
sudo make install
```
执行此操作后，您不会收到前一条错误fatal error: 'gsl/gsl_rng.h' file not found，因此您可以再次尝试安装。
现在回到您的R环境（例如，RStudio），再次尝试安装软件包：
```
install.packages("PATH_TO_TOPIC_MODELS.tar.gz", repos=NULL, type="source").
```

我遇到了同样的问题，在这之后我正确安装了R软件包，我希望它也适用于你的情况。

Answer 2

如果您已经使用自制软件。修复变量比从源手动安装gsl更好更快。

使用自制程序brew install gsl
修改~/.R/Makevars并添加。

PKG_LIBS = -L / USR /本地的/ opt / gettext的/ lib中
CFLAGS = -I在/ usr /本地的/ opt / GSL /包括
LDFLAGS = -L / usr / local / opt / gsl / lib -lgsl -lgslcblas

如何在R中安装topicmodels包？

2 个答案: