从R中不同颜色的两个矩阵生成网络

Question

我有两个矩阵m1和m2如下：

m1<-matrix(sample(0:1,36,replace=TRUE),nc=6);
diag(m1)<-0
row.names(m1) <- c(paste0("X",1:6))
colnames(m1) <- c(paste0("X",1:6))

m2<-matrix(sample(0:1,36,replace=TRUE),nc=6);
diag(m2)<-0
row.names(m2) <- c(paste0("X",1:6))
colnames(m2) <- c(paste0("X",1:6))

其中值1表示相应变量之间的连接。 我可以使用像igraph这样的包轻松地为其中一个矩阵生成网络。但是，我有兴趣使用两个矩阵生成差分网络，使边缘着色。这就像是重叠两个网络，使得'green'表示m1和m2都是边缘，'blue'表示m2中但不是m1的边缘，黑色边缘表示m1中的连接但不表示m1中的连接。在R？

中是否有一些生成这种网络的命令，类似于简单重叠图的“线/点”

Answer 1

首先，我们从邻接矩阵创建边缘列表。我们这样做，我将它们加在一起，只有m1中的那些边的值为1，而m2中的值只有2，而两者的值都是3

m3<-m1+2*m2
el<-subset(as.data.frame(as.table({m3[lower.tri(m3)]<-0; m3})), Freq>0)
names(el)<-c("V1","V2","CON")

现在我们可以使用上面编码的值

在边缘创建图形对象和颜色

library(igraph)
gg<-graph.data.frame(el, directed=F)
plot(gg, edge.color=c("black","blue","green")[E(gg)$CON])

这将为您提供以下情节

Answer 2

library(igraph)
ml <- list(m1,m2)
gl <- lapply(ml,graph.adjacency, weighted=T)
g  <- do.call("+",gl)
cols <- c("black","blue","green")
colors <- cols[as.numeric(!is.na(E(g)$weight_1)) + 2*(!is.na(E(g)$weight_2))]
set.seed(1)    # for reproducible graph
plot(g, edge.color=colors)

您的矩阵m1和m2不对称，这意味着有向图。因此，在这种情况下，图表显示m1具有从X2到X4的连接，而m2具有从X4到X2的连接

此方法利用了以下事实：您可以添加图表，并且结果的边缘包含两个原始图表的属性（此处为weight_1和weight_2）。它还涉及权重不是0或1的可能性。