Question

QIIME请求此（here）关于它作为输入接收的fasta文件：

The file is a FASTA file, with sequences in the single line format. That is, sequences are not broken up into multiple lines of a particular length, but instead the entire sequence occupies a single line.

Bio.SeqIO.write当然跟在format recommendations之后，每隔80个bps拆分一次。我可以写自己的作家来写那些“单行”的快速 - 但我的问题是，如果有一种方法我错过了让SeqIO做到这一点。

Answer 1

BioPython的SeqIO模块使用FastaIO子模块以FASTA格式读写。

FastaIO.FastaWriter类可以为每行输出不同数量的字符，但接口的这部分不会通过SeqIO公开。您需要直接使用FastaIO。

所以不要使用：

from Bio import SeqIO
SeqIO.write(data, handle, format)

使用：

from Bio.SeqIO import FastaIO
fasta_out = FastaIO.FastaWriter(handle, wrap=None)
fasta_out.write_file(data)

或

for record in data:
    fasta_out.write_record(record)

Answer 2

@unode 回答了这个问题。我只想补充一点，从今天起，write_file() 中的 write_record() 和 FastaIO 已标记为 OBSOLETE。因此，另一种解决方案是使用 as_fasta_2line() 函数，它将 fasta 记录转换为普通的两行字符串。

from Bio.SeqIO import FastaIO
records_list = [FastaIO.as_fasta_2line(record) for record in records]
handle.writelines(records_list)

使用Bio.SeqIO编写单行FASTA

2 个答案: