Question

我有一个我无法理解的问题。我有这个字符串：

gene_id "siRNA_Z27kG1_20543"transcript_id "siRNA_Z27kG1_20543_X_1";tss_id "TSS124620"

我想改变gene_id。所以，我有以下代码：

if ($line =~ /;transcript_id "([A-Za-z0-9:\-._]*)(_[oxOX][_.][0-9]*)";/) {
    $num = $2;
    $line =~ s/gene_id "([A-Za-z0-9:\-._]*)";/gene_id "$1$num";/g;
    print $new $line."\n";
}

我的代码的目的是更改siRNA_Z27kG1_20543的{{1}}。但是，我的代码不会产生该输出。为什么？我无法理解。

我的正则表达式需要保持原样，因为我匹配其他字符串（这次是成功的）。

Answer 1

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $string = q{gene_id "siRNA_Z27kG1_20543"transcript_id "siRNA_Z27kG1_20543_X_1";tss_id "TSS124620"};
if($string =~ m|transcript_id "([A-Za-z0-9:\-._]*)(_[oxOX][_.][0-9]*)"|){
    my $replace_with = qq{gene_id "$1$2"};
    $string =~ s/gene_id (\"\w+\")/$replace_with/g;
}
print "$string";

输出：gene_id "siRNA_Z27kG1_20543_X_1"transcript_id "siRNA_Z27kG1_20543_X_1";tss_id "TSS124620"

Demo

Answer 2

删除模式开头的分号，因为字符串中不存在分号： -

if ($line =~ /transcript_id "([A-Za-z0-9:\-._]*)(_[oxOX][_.][0-9]*)";/) {
            $num = $2;
            $line =~ s/gene_id "([A-Za-z0-9:\-._]*)";/gene_id "$1$num";/g;
            print $new $line."\n";
        }

Perl - 字符串匹配问题

2 个答案: