使用子进程在python脚本中使用sed和变量

Question

我想在python脚本中使用sed或tr来在fastafile中引入ID。

我试过了，但它说的是syntaxError：

  

subprocess.call（['sed \'s /＆gt; /＆gt;'+ identifier +'/ g \'＆lt;'+ path +'＆gt; transcriptome'）]，shell = True）

其中identifier和path是变量。它必须是循环的一部分，对于每个ID和引入的路径，它必须改变典型的fasta格式：＆gt; isotig123到＆gt; IDisotig123。每一个都有相应的ID。

感谢。

Answer 1

试试这个

subprocess.call(['sed -e "s/>/>'+identifier+'/g" '+path+' >transcriptome')],shell=True)

• 围绕sed操作
将\'替换为"
• 将<替换为直接文件参考
• 添加-e以使用操作命令

假设标识符不包含您样本中的特殊字符&，\，/

Answer 2

sed命令及其参数之间缺少whitspace。试试这个：

subprocess.call(['sed \'s/>/>'+identifier+'/g\' <'+path+'>transcriptome')],shell=True)