Question

我想找到一个能够确定危险率（死亡率）存活率的函数的最佳参数。

eh <- function(kappa,lambda,time,delay){
  FoM <- -log(1-(1-exp(-kappa*(time+delay)))*(exp(-lambda*time)))  
  return(FoM)  
}

survival <- function(k, l, t, d){
  theSurvs <- array(1, c(1, length(t)))
  S = array(1)
  Qs <- array(0)
  for(j in 1:length(t)){
    S[1] = 1
    for(i in 1:(t[j]+1)){
      theEHs <- eh(k, l, i-1, d)
      theQs <- hazards2Qs(theEHs)
      S[i+1] <- S[i]-S[i]*theQs
    }
    theSurvs[j] <- S[i]
  }
  return(theSurvs)
}

hazards2Qs <- function(hazards){
  Qs<- 1-exp(-hazards)
  return(Qs)
}

timeX = 0  # time cycles of arbitrary length
kappaX = 0.001
lambdaX = 0.05
delayX = 50

theYears <- floor(runif(20)*100)
theYears

EHs <- eh(kappaX, lambdaX, theYears, delayX)


theS <- survival(kappaX, lambdaX, theYears, delayX)
theS

theData <- data.frame(theYears, t(theS))
theData
survival(kappaX, lambdaX, theYears, delayX)

mod <- nls(~ survival(kappa, lambda, theYears, delay), start=list(lambda=0.0015, kappa=0.0013, delay=48), data=theData, trace=1)

当我运行它时，我收到此错误：

3.647752 :   0.0015  0.0013 48.0000
Error in qr.qty(QR, resid) : 
  'qr' and 'y' must have the same number of rows

回溯（）：

4: stop("'qr' and 'y' must have the same number of rows")
3: qr.qty(QR, resid)
2: (function () 
   {
       if (npar == 0) 
           return(0)
       rr <- qr.qty(QR, resid)
       sqrt(sum(rr[1L:npar]^2)/sum(rr[-(1L:npar)]^2))
   })()

> dim(theS)
[1]  1 20
> dim(theYears)
NULL
> dim(theData)
[1] 20  2
> typeof(theData)
[1] "list"
> typeof(theS)
[1] "double"
> typeof(theYears)
[1] "double"

我一直在挣扎一天而没有深究这一点。有什么想法吗？

Answer 1

在花了很长时间试图弄清楚自己发生了什么之后，我认为问题在于你如何塑造你的survival功能结果。我不确定你为什么要尝试返回数组，但是你应该在这里返回一个向量。所以只需将第一行改为

即可

#OLD: theSurvs <- array(1, c(1, length(t)))
theSurvs <- rep.int(1, length(t)

这意味着您还必须更改

#OLD: theData <- data.frame(theYears, t(theS))
theData <- data.frame(theYears, theS)

通过返回这样的形状对象，它干扰了使用qr()的渐变计算。尽可能远离单维数组，只需使用简单的向量。

现在，正如所说，解决这个问题似乎导致了另一个问题。似乎当它试图采用数值导数时，它会遇到NaN/Inf值。您可以在return(theSurvs)行上方添加此代码，以查看发生这种情况时调用的参数

if(any(!is.finite(theSurvs))) {
    dput(c(k,l,d))
    dput(t)
    print(theSurvs)     
}

R和nls函数错误 - '必须具有相同的行数'

1 个答案: