Question

为一个看似无聊的问题道歉。但是我花了一整天的时间试图解决这个问题，这让我感到震惊。我正在尝试编写一个看似简单的bash脚本，该脚本将从ls获取目录中的文件列表，使用sed替换部分文件名，从列表中获取唯一名称并将其传递给某个命令。像这样：

inputs=`ls *.ext`
echo $inputs
test1_R1.ext  test1_R2.ext  test2_R1.ext  test2_R2.ext

现在我想通过sed替换1.ext和2.ext用*来获取test1_R *等等。然后我想通过运行sort -u来删除生成的重复项以到达以下$ output变量：

echo $outputs
test1_R* test2_R*

并将其传递给命令，就像这样

cat $outputs

我可以在命令行中执行以下操作：

ls *.ext | sed s/..ext/\*/g | sort -u

但是如果我尝试将上面的内容分配给脚本中的变量，它只返回ls的输出。我尝试了几种方法：在脚本中包含整个管道。分别运行每个命令并将其分配给变量，然后将该变量传递给下一个命令并将输出写入文件，然后将文件传递给下一个命令。但到目前为止，没有一个能够实现我的目标。我认为我的问题在于（除了一般无知的bash脚本）无法在脚本中的变量上运行seq。关于如何在sed中将变量传递给模式或替换字符串似乎有很多建议，但它们似乎都将文件作为输入。但我明白，无论如何，这可能不是正确的做法。因此，如果有人能够提出一种优雅的方式来实现我想要的东西，我真的很感激。

非常感谢！

2014年2月2日更新

嗨巴马尔，谢谢你的回答。不能说它解决了这个问题，但它帮助指出了它。似乎问题在于我使用星号。我不得不说，我很困惑。我得到的实际文件名是：

test1_R1.fastq.gz test1_R2.fastq.gz test2_R1.fastq.gz test2_R2.fastq.gz

如果我使用您建议的代码，在我看来这是正确的方法：

ins=$(ls *.fastq.gz | sed 's/..fastq.gz/\*/g' | sort -u)

Sed似乎没有做任何事情，我得到了ls的输出：

test1_R1.fastq.gz test1_R2.fastq.gz test2_R1.fastq.gz test2_R2.fastq.gz

现在，如果我用其他任何东西替换反斜杠，那么sed会起作用，但它也会返回我在asteriks前面（或之后）放置的任何字符：

ins=$(ls *.fastq.gz | sed 's/..fastq.gz/"*/g' | sort -u)
test1_R"* test2_R"*

这很奇怪，但我肯定可以在星号前放一个“R”，然后在搜索模式字符串中替换R，对吧？错误！如果我以任何方式执行此操作：'s/R..fastq.gz/R*/g' 's/...fastq.gz/R*/g' 's/[A-Z]..fastq.gz/R*/g'我回到原来的名字！即使我最终得到类似test1_RR* test2_RR*的内容并尝试再次通过sed运行它并将"_R"替换为"_"或"RR"替换为"R"，我也是我没有运气，我又回到原来的名字。然而，我可以替换文件名的其余部分没问题，只是为了不让我test1_R*我需要。

我有一种感觉，我应该以一种非常聪明的方式逃避*，但我尝试过的任何东西似乎都没有用。再次感谢您的帮助！

Answer 1

这是在变量中捕获整个管道的结果的方法：

var=$(ls *.ext | sed s/..ext/\*/g | sort -u)

在bash脚本中运行sed ON变量

1 个答案: