Question

我想要比较两个字符串。问题是我不知道如何同时迭代地切片，然后在每个slice上运行比较代码。下面是我试图通过在for循环中使用for循环来运行的代码（每个字符串一个））没有出现任何错误，但只有第一个字符串被迭代切片并打印到屏幕上。第二次尝试是将2 for循环合并在一起但是提供的错误消息出现了，这解释了它失败的原因，但是我不知道围绕错误的方法。

for循环for for循环的代码

for i in range(8, len(seq1)):
    seq1i = seq1[0:i]
    print seq1i

    for i in range(8,len(seq2)):
        seq2i = seq2[0:i]
        print seq2i

        for c1, c2 in zip(seq1i, seq2i):
            if c1 == c2:
                counter += 1
            else:
                break
        print "String share the longest common prefix of length %d: %s" % (counter, seq1[:counter])
        if counter >= 8:
            print " Match found, match length %d" % counter

尝试合并for循环：

for i1,i2 in range(8,len(seq1, seq2)):
    for c1, c2 in zip(seq1i, seq2i):
        if c1 == c2:
            counter += 1
        else:
            break
    print "String share the longest common prefix of length %d: %s" % (counter, seq1[:counter])
    if counter >= 8:
        print " Match found, match length %d" % counter

这导致了错误：

TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-26-9c4822069792> in <module>()
----> 1 for i1,i2 in range(8,len(seq1, seq2)):
      2     for c1, c2 in zip(seq1i, seq2i):
      3         if c1 == c2:
      4             counter += 1
      5         else:

TypeError: len() takes exactly one argument (2 given)

我认为必须有一种方法，每个字符串的迭代切片都会发生，并且当它们生成时，可以运行匹配（如果c1 == c2）代码。

想要的输出是：

如果seq1和seq2：

seq1 = 'ATCGATCGATCGAAAA'
seq2 = 'ATCGATCGATCCCCCC'

A
A
AT
AT
ATC
ATC
ATCG
ATCG
ATCGA
ATCGA
ATCGAT
ATCGAT
ATCGATC
ATCGATC
ATCGATCG
ATCGATCG
ATCGATCGA
ATCGATCGA
ATCGATCGAT
ATCGATCGAT
ATCGATCGATC
ATCGATCGATC
String share the longest common prefix of length 10:ATCGATCGATC

Answer 1

我确信使用高级切片和/或itertools有更好的解决方案，但老实说，我认为简单的循环是最简单的方法。

for i, c in enumerate(seq1):
    try:
        if c != seq2[i]:
            break
        print seq1[:i + 1] + '\n' + seq1[:i + 1]
    except IndexError:
        break
print 'Longest common prefix %s of length %d' % (seq1[:i], i)

Answer 2

尽管来自os.path模块，但您应该使用os.path.commonprefix。

>> s1 = 'GATTACA'
>> s2 = 'GATTCCC'
>> os.path.commonprefix([s1,s2])
'GATT'

Answer 3

你实际上可以zip字符串，这似乎比大多数答案更加pythonic：

str1 = 'ACTGGAG'
str2 = 'ACTA'

prefix = ''
for a,b in zip(str1,str2):
    if a==b:
        prefix += a
    else:
        break

print prefix # prints ACT

Answer 4

打印中间结果效率有点低，但这似乎有效：

def lcp(seq1, seq2):
    ret = []
    for i in xrange(min(len(seq1), len(seq1))):
        if seq1[i] != seq2[i]:
            break
        else:
            ret.append(seq1[i])
            print ''.join(ret)
    print "strings share a longest common prefix of length:", len(ret)

seq1 = 'ATCGATCGATCGAAAA'
seq2 = 'ATCGATCGATCCCCCC'
lcp(seq1, seq2)

输出：

A
AT
ATC
ATCG
ATCGA
ATCGAT
ATCGATC
ATCGATCG
ATCGATCGA
ATCGATCGAT
ATCGATCGATC
strings share a longest common prefix of length: 11

如何使for循环使用2个字符串？

4 个答案: