Scree绘图比例

Question

我想通过scree绘制我执行的pca的结果。下面用相应的scree图总结了这种pca的一些结果。但是，碎石图的比例并不代表表格中的结果：表格中第一台PC的方差为71％，但在图表中仅为5％。为什么会出现这种差异？

                         PC1    PC2     PC3     PC4     PC5    
Standard deviation     3.4603 1.55582 0.62813 0.38341 0.58616 
Proportion of Variance 0.7144 0.05045 0.02683 0.01633 0.01133 
Cumulative Proportion  0.7144 0.76485 0.79168 0.80801 0.81934 

Answer 1

图的y轴是方差，即标准偏差的平方：

y = prcomp(USArrests)
summary(y)
y$sdev^2
screeplot(y,type="lines")

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screeplot函数实际上非常简单易懂。要查看该函数，请使用getS3method函数：

getS3method("screeplot", "default")

需要注意的两个关键陈述是：

pcs <- x$sdev^2

和

plot(xp, pcs[xp], type = "b", axes = FALSE, main = main, 
            xlab = "", ylab = "Variances", ...)