用于kernlab中可变长度因子序列分类的核

Question

这是为可变长度因子序列的分类定义合适内核的最佳方法。我使用kernlab与R。

谢谢！

Answer 1

没有一般的好方法。可变长度因子意味着没有维度维度关系，因此合适的核函数完全依赖于数据（问题）。

然而，最基本的方法，假设你的因素只是一些大集合的元素是使用基于Jaccard的内核，

K(A,B) = |A n B|

简单地测量交叉点的大小。很容易证明它是一个有效的内核，因为人们可以考虑内核投影phi（A），它将集合A编码为第i个维度为“1”的位向量iff i'th element A中包含A的宇宙（A被采样）.K定义了这些元素的常规标量积。

Answer 2

你应该阅读：

• 动态时间扭曲（DTW）启发内核（具有PDS约束，例如全局对齐内核）。

• 字符串内核通常用于ADN结构分析（参见频谱内核，不匹配内核，......）。