Question

我很难与biopython斗争。我成功地从结构对象中获取所有原子的列表，以及获取/设置坐标和检索序列号：

from Bio import PDB

pdb = "file.pdb"
name = "file"
p = PDB.PDBParser()
struct_in = p.get_structure(name, pdb)

for atom in PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A'):
    atom.set_coord(np.array((1,2,3)))
    atom.transform(unity3,(2,-2,1))
    print atom.get_serial_number()

但是，我无法通过序列号引用某个原子（索引23）来更改其坐标。我正在寻找类似于虚构的东西＆＃34; get_atom_by_index（）＆＃34;函数在下面的第二行（它没有那样工作）：

atomList = PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A')
atomList.get_atom_by_index(23).set_coord(newCoord)

当然，我可以做类似

的事情

for i in atomList:
    if atomList[i].get_serial_number() == 23:
        atomList[i].set_coord(newCoord)

但我宁愿避免这个额外的循环。必须有一种更方便的方式！

提前谢谢 fred的

Answer 1

如果您知道具体的索引号，那么为什么不这么做呢：

atomList[23].set_coord(newCoord)

Answer 2

您可以将PDB放入dict，从原子序列号创建键：

selection = PDB.Selection.unfold_entities(struct_in, target_level='A')
serial_numbers = [atom.serial_number for atom in selection]

selection_dict = dict(zip(serial_numbers, selection))

# selection_dict is now something like:
# {1: <Atom N>, 2: <Atom CA>, 3: <Atom C>, ...}

现在您可以使用键访问dict，而无需循环：

selection_dict[23].set_coord(np.array((1,2,3)))

biopython PDB：如何通过原子的序列号引用原子列表

2 个答案: