Question

我试图从用Perl编写的网页获取用户输入并将其发送到本地程序（blastp），然后显示结果。

这就是我现在所拥有的：

(input code)

print $q->p, "Your database: $bd",
$q->p, "Your protein is: $prot",
$q->p, "Executing...";

print $q->p, system("blastp","-db $bd","-query $prot","-out results.out");

现在，我做了一些研究，但我不能完全理解你应该如何在Perl中做这样的事情。我试过打开一个文件，写入文件，并将其作为输入发送到blastp，但我没有成功。

作为参考，此行生成一个成功的输出文件：

 kold@sazabi ~/BLAST/pataa $ blastp -db pataa -query ../teste.fs -out results.out

我可能需要强制bd从绝对路径加载，但这不应该是困难的。

编辑：是的，数据库有一个环境变量，已修复。好的，我只需要将输入输入到文件中，将其传递给命令，然后将输出文件打印到CGI页面。

edit2：澄清：

我在$ prot中接收用户输入，我想将它传递给blastp in -query，让程序执行blastp，然后向用户打印results.out文件（或者只是有一个链接到它，因为blastp可以输出HTML）

编辑：

好的，修好了我需要修理的一切。最大的问题是我没有看到出现了什么问题：我不得不安装Tiny：Capture并打印出stderr，当我意识到环境变量没有正确设置时，所以BLAST没有找到我的数据库。谢谢你的帮助！

Answer 1

将$prot写入文件。假设您需要按原样执行此操作而不处理文本以将其拆分：

对于固定文件名（可能有问题）：

use File::Slurp;
write_file("../teste.fs", $prot, "\n") or print_error_to_web(); 
      # Implement the latter to print error in nice HTML format

对于临时文件（更好）：

my ($fh, $filename) = tempfile( $template, DIR => "..", CLEANUP => 1);
# You can also create temp directory which is even better, via tempdir()
print $fh "$prot\n";
close $fh;

步骤2：按照您的指示运行命令：

my $rc = system("$BLASTP_PATH/blastp", "-db", "pataa"
                ,"-query", "../teste.fs", "-out", "results.out");
# Process $rc for errors
# Use qx[] instead of system() if you want to capture 
#      standard output of the command

步骤3：读取输出文件：

use File::Slurp;
my $out_file_text = read_file("results.out");

发送回网络服务器
```
print $q->p, $out_file_text;
```

上面的代码存在多个问题（例如，您需要更好的文件/目录路径，更多的错误处理等等），但应该让您在正确的轨道上开始。

如何在Perl中使用用户输入运行本地程序

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