Question

我正在尝试查看XML中的标记。我的脚本运行到dbReferences（有几个用于输入），但我只想采用＆＃39; id＆＃39;如果＆＃39;键入＆＃39; =＆＃34; EC＆＃34;。

我正在考虑做一些if语句，它会查看＆＃39; type＆＃39;在获取id之前的dbReference：

foreach $entry (@{$data->{entry}}) {         
        foreach $ref (@{$entry->{dbReference}}) {
            if($ref type ="EC"){
                #then print the id
            }
        }
 }

编辑：条目XML的格式如下，需要检查连续的大量dbReferences：

<dbReference type="NCBI Taxonomy" id="9606"/>
<dbReference type="PubMed" id="8274401"/>
<dbReference type="EC" id="1.1.5.54"/>

有什么想法吗？

Answer 1

你可以使用XPath。对于id属性等于dbReference的所有type元素（在任何嵌套级别中），此表达式返回EC：

//dbReference[@type="EC"]/@id

代码段：

use XML::LibXML;

my $dom = XML::LibXML->new->parse_file('file.xml');
my $node = $dom->findnodes('//dbReference[@type="EC"]/@id');
print 'Result: '.$node;

您可以使用额外限制调整表达式（例如：节点的绝对路径，或其他属性，节点位置等），以防这不会返回唯一值。

Answer 2

我猜您的输入类似于

<xml>
<dbReference type="NCBI Taxonomy" id="9606"/>
<dbReference type="PubMed" id="8274401"/>
<dbReference type="EC" id="1.1.5.54"/>
<dbReference type="NCBI Taxonomy" id="9606"/>
<dbReference type="PubMed" id="8274401"/>
<dbReference type="EC" id="1.1.5.54"/>

所以试试：

my $ref = XMLin($String);


                #warn Dumper($ref);
       foreach $ref1 (keys %{$ref->{dbReference}}) {
            if($ref->{dbReference}->{$ref1}->{type} eq "EC"){
                #then print the id
                $ref1;
            }
        }

在Perl中提取数据之前测试XML标记的参数

2 个答案: