如何使用rstudio和github将现有项目转换为Reproducible Research(RR)项目?

时间:2014-05-21 23:17:45

标签: github rstudio

背景

我是土木工程的研究助理和硕士研究生。当Excel无法打开它时,我开始使用R来分析大数据文件。在我学习的过程中,我开始使用rstudio,后来熟悉了其中使用降价和乳胶。现在我正处于论文的中间,并且已经爱上了RR的概念,并希望将它用于我自己的研究。我也了解了Github的优点和设置存储库等。

问题

我有很多单独的.R文件填充了代码,一些.tex和.Rmd文件用于小报告。在某些时候,我创建了一个新的rstudio项目(3个给定数据集中的1个),现在将所有新分析保存在该文件夹中。我需要你的建议,我怎样才能将所有以前的代码组合到一个文件夹中(明智地在单个Rmd文件中执行所有操作?)并将此文件夹放到github(我知道为新项目创建新的repos但是不知道将现有项目放在github上)。 RR的硕士论文项目有哪些最佳实践?

后来我想创建与我的项目相关的软件包和Shiny应用程序。

1 个答案:

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您还应该知道RStudio具有非常好的集成功能来管理git存储库。例如。你在Github上创建一个新的存储库,然后复制SSH密钥(例如git@github.com:username / repositoryname.git),在RStudio中打开一个新项目,选择“Version Control” - > “Git”并输入SSH密钥作为“存储库URL”并单击“创建项目”。

现在,您可以将所有文件复制/粘贴到本地存储库文件夹中。您还可以通过RStudio管理git的整个提交/推送/拉取过程。

请记住,https://bitbucket.org/提供托管私人存储库的可能性,如果您想在论文完成时公开发布论文。