在OSX 10.9 mavericks下为RStudio（以及其他GUI应用程序）声明PATH

Question

问题：在10.9下使用系统（）调用并使用RStudio 0.98-501时，我的bash路径中找不到应用程序。

EX1

system("echo $PATH", intern=FALSE)
# this returns a very short PATH without any of my privately declared ones

EX2

system("bowtie --help", intern=TRUE)
# does not find bowtie while it is there all right and the same call works under R cli

这似乎是因为作为GUI应用程序的RStudio没有继承我的.profile / .bashrc中定义的完整PATH

我找到了许多与旧系统相关的帖子，并为小牛队组建了一个解决方案。我尝试了Setting environment variables in OS X?的修复，但在小牛队下没有成功。

launchctl setenv PATH $PATH

Answer 1

我的解决方案：创建自定义脚本/功能和自定义路径文件

• 声明一个自定义函数，以便每次我的PATH更改时能够更新它
• 将该函数存储在脚本中以便能够以root身份运行
• 使用此函数创建OSX GUI应用程序（包括RStudio）将继承的完全等效的PATH

该功能在＆＃39; .myfunctions＆＃39;中声明。放在我的$ HOME中并且来自我的.profile

现在脚本：

!/bin/bash

function setGUIpath () {
# create a custom path file in /etc/paths.d
# store the full PATH in that file for GUI apps
# created for the need to know PATH in RStudio system() calls

# mypath should exist and be writable (or sudo)
mypath=/etc/paths.d/mypath

# clear existing
cat /dev/null > ${mypath}

# fill with unique PATH items
# remove added 'PATH=' strings (what is doing this?)
echo $PATH | sed -e 's/PATH=//' | awk -F: '{for (i=1;i<=NF;i++) { if ( !x[$i]++ ) printf("%s\n",$i); }}' | sed -e 's/PATH=//' > ${mypath}

# restart Dock
osascript -e 'tell app "Dock" to quit'
}

# export it (optional?)
export -f setGUIpath

# run it
setGUIpath

如果这对我的操作系统造成任何风险，欢迎提出任何意见或改进。