计算物理项目中的目录结构

Question

现状

我的科学项目主要包含具有物理目的的不同分析和数值计算，即我使用Mathematica，MATLAB，Fortran。当然，使用像git这样的版本控制程序来提交进度是个好主意。

我问过一些朋友什么是构建我的文件的最佳方式。除了简单而着名的程序员的文件结构（/bin/，/dat/，/doc/，/src/，......），我发现没有令人满意但相似的答案：

• What is the best project structure for a Python application?
• Directory structure for a C++ library
• Web Application (Django) typical project folder structure
• Proper folder structure for lots of source files
• https://stackoverflow.com/q/7715704/2062965

我希望这个问题不会因物理学家的要求而被关闭;因为我猜许多科学家在某种程度上或多或少地延伸了同样的问题。通过了解程序员之前遇到过此类问题，我不会在Physics Stack Exchange处提出这个问题，因为它可能会被标记为off-topic或too broad。

实施例

在我的上一个项目中，我有以下全局结构，我在不同项目项之间进行了一些交互：

/External_Code_Contribution/
/Experimental_Data/
/Analytical_Calculations/
  /Project_Issue_1/
  /Project_Issue_5/
/Documentations/
  /Thesis/
  /Papers/
  /Talks/
/Literature/
/Project_Organization/
/Numerical_Calculations/
  /Project_Issue_1/
    /SubIssue_A/
    /SubIssue_B/
    /SubIssue_C/
  /Project_Issue_2/
  /Project_Issue_3/
  /Project_Issue_4/
  /Project_Issue_6/

说明 在这个项目中，我根据功能（外部贡献，exp。数据，数字，文档......）划分文件，然后根据问题进行细分（什么）在该步骤计算，其中每个问题再次包含子项（例如，对于具有不同数据集的类似计算），包含源代码，二进制文件和已处理数据（为简单起见，所有这些都在同一目录中）。

不幸的是，在这种方法中，以太必须：

• 参考相应问题中的源代码（更改任何内容的危险可导致不兼容），或
• 将源代码复制到每个新问题（每个具有相同名称但在不同文件夹中的源代码文件可能不同）。

问题

谁在目录中遇到了构建项目的问题？请告诉我你的方法以及带你进入这个结构的论点！

（可能的补充：如上所述，当我为项目设置文件结构时，我应该记住什么？）

如果您不完全理解答案，请不要犹豫，而不是标记。谢谢！