Question

我正在尝试使用shell的temporal3函数从另一个文件（名称为map）中的一个文件（名为grep）中搜索文本。以下是这些文件的一小部分：

temporal3：

TACTATATTACTGGAAAAACCATCAAGCTAGACCA
AATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAG
AGAATTATCATTTTGAGATTGCTATCGTTCACCAA
AATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAG
CTAGACCAATATAATATGTCCCAGTTGAAGAGAAT
AGATTGCTATCGTTCACCAAATACTGGCAAATAAT

map：

CTTCTGAATCCGCCAGGAGTTCTACCTCGATCAAATAATGACACTTTGCACTTGATTTTTCATCAAGAAAGTCAGTCAAATAGTTCCAGAAATGGACACAA
ATCTCACATCCCTTACTATATTACTGGAAAAACCATCAAGCTAGACCAATATAATATATCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGATTGCTATCGTTCA
TCACATCCCTTACTATATTACTGGAAAAACCATCAAGCTAGACCAATATAATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGATTGCTATCGTTCACCA
AGACCAATATAATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGATTGCTATCGTTCACCAAATACTGGCAAATAATCTCCTTCTGAATCCGCCAGGAGT
CCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGATTGCTATCGTTCACCAAATACTGGCAAATAATCTCCTTCTGAATCCGCCAGGAGTTCTACCTCGATCAAATAA
GAGATTCATCTCACATCCCTTACTATATTACTGGAAAAACCATCAAGCTAGACCAATATAATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGATTGCTA
AGACCAATATAATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGATTGCTATCGTTCACCAAATACTGGCAAATAATCTCCTTCTGAATCCGCCAGGAGT
AACCATCAAGCTAGACCAATATAATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGATTGCTATCGTTCACCAAATACTGGCAAATAATCTCCTTCTGAA
TTCATCTCACATCCCTTACTATATTACTGGAAAAACCATCAAGCTAGACCAATATAATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGATTGCTATCGT
ATAGCGAGATTCATCTCGCATCCCTTACTATATTACTGGAAAAACCATCAAGCTAGACCAATATAATATGTCCCAGTTGAAGAGAATTATCATTTTGAGAT

真正的map文件是一个（〜20Gb），所以我无法用R.处理它。我想做的是：

对于temporal3中的第一行，我希望map中的所有行都包含它。
对于temporal3中的第二行，我希望获得map中包含它的所有行。
...
对于temporal3中的最后一行，我想让map中的所有行都包含它。

我试过了grep -Ff temporal3 map但它没有用！这对我来说真的很令人惊讶。知道为什么这不起作用的任何想法？有任何建议来完成这项任务吗？非常感谢！

Answer 1

您可以使用：

#!/bin/bash

> output
while read -r line; do
    grep -F "$line" map >> output
done < temporal3

Answer 2

谢谢@anubhava！这就是我要的。我也改变了一点：

 #!/bin/bash

 > output
 while read -r line; do
     echo $line >> output
     grep -Fn "$line" map >> output
 done < temporal3

shell中的grep无法按预期工作

2 个答案: