Question

我有很多R脚本，想要在Rstudio中运行。当然我可以登录远程集群并使用qsub -I进入计算节点并以交互方式运行脚本，但我想知道，无论如何都要使用Rstudio（因为Rstudio是一个非常棒的工具）？< / p>

Answer 1

经常做的是使用Rstudio进行开发，然后将所有内容包装在一个自包含的R脚本中，以提交给集群，例如

#! /bin/bash
## Submission options
R CMD BATCH --save script.R output.log

或者，您可以使用Batchjob通过Rstudio将您的作业提交到PBS / SGE / ....例如，请参阅复制的最小示例from the manual。

library("BatchJobs")

f <- function(data) {
  if (data > 4) {
    Sys.sleep(100*data)
  }
  -data
}

## Create simple registry:
reg <- makeRegistry(id="minimal", file.dir="minimal")
batchMap(reg, f, 1:20)

## Submit jobs:
submitJobs(reg)

## Collect (partial) results:
res <- reduceResults(reg, fun=function(aggr, job, res) c(aggr, res))
print(res)

如果您对此解决方案感到满意，可以使用Batchexperiments

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如何在远程Linux集群的计算节点上运行Rstudio

1 个答案: