Question

所以我试图创建一个读取三个不同帧中DNA串的类 - 一个从0位（或第一个碱基）开始，另一个从位置1开始（第二个碱基），以及第三个开始在第2位（第三个基地）阅读。到目前为止，这就是我一直在玩的：

def codons(self, frame_one, frame_two, frame_three):
        start = frame_one
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start:start+3], start)
            start += 3

        start+1 = frame_two
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start+1:start+4], start)
            start += 3

        start+2 = frame_three
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start+2:start+5], start)
            start += 3

我认为现在这几乎是胡说八道，但我尽我所能。如果有人能让我知道我可以在这堂课中开始纠正的地方，那就太棒了。

Answer 1

首先，您无法指定某些值并为start+1，start+2等变量命名。接下来，由于它与生物信息学相关，您可以将您的问题标记为生物信息学。此外，你重复了很多次的东西，这对程序员来说太糟糕了。但是，您可以尝试使用以下代码段：

class Codons(object):

        def __init__(self, seq):
                self.seq = seq

        def codons(self, frame_one, frame_two, frame_three):

                while frame_one <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_one:frame_one+3])
                    frame_one += 3

                while frame_two <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_two:frame_two+3])
                    frame_two += 3

                while frame_three <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_three:frame_three+3])
                    frame_three += 3


test_codons = Codons("ATCGTG-")

val = test_codons.codons(0,1,2)

print("Codons are: ")
for i in val:
        print(i)

print("")

让我们知道它是否适合您。干杯!!

阅读三个不同的框架

1 个答案: