如何使用R ggplot更改x轴刻度标签名称，顺序和箱图颜色？

Question

我有一个包含csv文件的文件夹，每个文件都有两列数据，例如：

0,red
15.657,red
0,red
0,red
4.429,red
687.172,green
136.758,green
15.189,red
0.152,red
23.539,red
0.348,red
0.17,blue
0.171,red
0,red
61.543,green
0.624,blue
0.259,red
338.714,green
787.223,green
1.511,red
0.422,red
9.08,orange
7.358,orange
25.848,orange
29.28,orange

我使用以下R代码生成箱图：

files <- list.files(path="D:/Ubuntu/BoxPlots/test/", pattern=NULL, full.names=F, recursive=FALSE)
files.len<-length(files)
col_headings<-c("RPKM", "Lineage")

for (i in files){
  i2<-paste(i,"png", sep=".")
  boxplots<-read.csv(i, header=FALSE)
  names(boxplots)<-col_headings
  png(i2)
  bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + geom_point(aes(colour=factor(Lineage)))
  print(bplot)
  graphics.off()
}

现在我想更改箱图的颜色以匹配相应的x轴颜色标签。我还想更改x轴标签的名称，以及它们的顺序。有没有办法使用ggplot或qplot来做到这一点？

Answer 1

建立@ shadow的答案，以下是如何手动更改x轴标签的方法。我还进行了一些其他更改，这些更改有助于改善图形和图例的外观：

colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue")
bplot<-ggplot(temp, aes(Lineage, RPKM)) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
    geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
    scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4"),
                     name="Group") +
    scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder,
                     labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")
                     name="Group") +
    scale_x_discrete(limits=colorder,labels=c("hESC1","hESC2","hESC3","hESC4")) +
    theme_bw()

将labels选项添加到绘图的scale_x_discrete图层可以更改轴标签。向labels和scale_fill_manual添加scale_color_manual可让您更改图例标签。向两者添加name可让您更改图例标题。最后，我将theme_bw()添加到绘图中，使背景变白并在绘图周围添加边框。希望有所帮助！

Answer 2

是的，你可以这样做。使用scale_color_manual，scale_fill_manual和scale_x_discrete，如下所示：

# specify colors and order 
colorder <- c( "green", "orange", "red", "blue") 
bplot<-ggplot(boxplots, aes(Lineage, RPKM)) + 
  geom_boxplot(aes(fill=factor(Lineage))) + 
  geom_point(aes(colour=factor(Lineage))) + 
  scale_color_manual(breaks=colorder, # color scale (for points)
                     limits=colorder, 
                     values=colorder) +
  scale_fill_manual(breaks=colorder,  # fill scale (for boxes)
                    limits=colorder, 
                    values=colorder) +
  scale_x_discrete(limits=colorder)   # order of x-axis