Question

我正在尝试将数据框中的字符替换为另一个数据框中的字符。

所以，例如：

df1看起来像这样：

   Sample aac.2...Ia aac.3..I aac.3..Ia aac.3..Id
1 TG02036          -        -         -         -
2 TG03227          -        -         -         -
3 TG04597          -        -         -         -
4 TG04623          -        -         -         -
5 TG04629          -        -         -         -

我想将df1中“Sample”的匹配行替换为df2中的“Isolate.Barcode”，如下所示：

  Isolate.Barcode  Sample aac.2...Ia aac.3..I aac.3..Ia
1          TG2035 TG02036          -        -         -
2          TG1817 TG03227          -        -         -
3          TG1818 TG04597          -        -         -
4          TG1821 TG04623          -        -         -
5          TG1820 TG04629          -        -         -

我正在尝试使用带有以下代码的DataCombine包执行此操作：

df1_corrected <- FindReplace(df1, Var = "Sample", df2, 
                               from = df2$Sample, 
            to = df2$Isolate.Barcode, exact = TRUE)

我收到以下警告：

Warning messages:
1: In gsub(pattern = paste0("^", replaceData[i, from], "$"),  ... :
  argument 'pattern' has length > 1 and only the first element will be used

此外，更换不会发生。

感谢您提供的任何帮助!!

Answer 1

我在这里使用match，这将返回另一个?match中一个向量的匹配索引。

首先，一个可重现的例子总是好的（即我们可以复制/粘贴到R中的一个小例子来试试）::

df1 <- data.frame(Sample=letters[1:5], value=1:5, stringsAsFactors=F)
df2 <- data.frame(newID=LETTERS[c(1,3,5,6:10)], Sample=letters[c(1,3,5,6:10)], stringsAsFactors=F)
> df1
  Sample value
1      a     1
2      b     2
3      c     3
4      d     4
5      e     5
> df2
  newID Sample
1     A      a
2     C      c
3     E      e
4     F      f
5     G      g
6     H      h
7     I      i
8     J      j

因此，我们希望最终df1中的Sample列为A, b, C, d, E（df2中的唯一匹配项）。

首先，看看

match(df1$Sample, df2$Sample)
[1]  1 NA  2 NA  3

对于df1中的每一行，它返回df2的Sample列中的匹配索引。所以：

idx＆lt; - match（df1 $ Sample，df2 $ Sample） df1 $ Sample [！is.na（idx）]＆lt; - df2 $ newID [idx [！is.na（idx）]]

> df1
  Sample value
1      A     1
2      b     2
3      C     3
4      d     4
5      E     5

正如预期的那样，我们用df2的newID列替换了a，c和e，分别为A，C和E.

Answer 2

至于让FindReplace工作，你的错误是from / to参数需要是replaceData data.frame中列名的字符向量。所以这似乎有用

FindReplace(df1, "Sample", df2,"Sample","Isolate.Barcode",exact=F)

将一个数据帧中的id字符替换为另一个数据帧中的id字符

2 个答案: