调用perl脚本在PHP APACHE中不起作用

Question

我有服务器端代码，以这种方式调用perl脚本

exec("perl /home/horus/Instaladores/variant_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl --everything --offline -i ../users/$username/$project/results/remove_duplicated_lines/BED_filtered/qual/StrandBalance/dbSNP/SnpEff/$vcf -o ../users/$username/$project/results/remove_duplicated_lines/BED_filtered/qual/StrandBalance/dbSNP/SnpEff/VEP/$vcf --stats_file ../users/$username/$project/results/remove_duplicated_lines/BED_filtered/qual/StrandBalance/dbSNP/SnpEff/VEP/$vcf.html",$output);

我尝试使用exec，system和passthru时没有成功。

如果我在exec之前做了一个echo，那么所有的变量都是相应的设置

如果我在Linux控制台中复制回显结果，使用php脚本所在文件夹中的www-data，一切都按预期工作

我在sudoers文件中有perl和variant_effect_predictor.pl脚本

www-data ALL =（ALL）NOPASSWD：/ usr / bin / perl www-data ALL =（ALL）NOPASSWD：/home/horus/Instaladores/variant_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl

有什么想法吗？为什么php没有调用脚本？

Answer 1

第一步。看看你是否可以从该位置运行hello world perl脚本。

use strict;
use warnings;

print "Hello World\n";

如果你能让它正常工作，那么我怀疑问题是你作为参数发送的相对路径。尝试将它们设置为绝对路径，看看是否有帮助。