Question

我正在尝试使用trackpy（以下称为tp）进行粒子追踪。我有一系列细胞样本的图像。当然，图像中有一些噪音。跟踪的第一步是从系列的第一个图像中选择哪些聚类是单元格，哪些聚类不是。这很大程度上是由tp.locate完成的。这并不完美。我希望能够通过这些候选人＆＃39;由tp.locate选择并指示每个是否是一个单元格。

我创建了函数ID以便执行此操作。目标是浏览候选人名单＆＃39;由tp.locate生成。我想通过显示（通过matplotlib＆＃39; imshow功能）每个候选人来做到这一点。同时提示用户输入以指示候选人是否＆＃39;是一个细胞。

问题是要求用户输入似乎会抑制imshow函数的输出。每次通过for循环询问不同的候选人，但是imshow窗口从未实际显示候选人。我不知道如何解决这个问题，我觉得我非常接近我的目标，所以我真的很感激输入。

我不需要GUI，但有什么方法可以使用tkinter处理这个问题吗？我对tkinter不熟悉，但我已经阅读了一些让我觉得我可以用它来解决这个问题的东西。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

def framer(f,image,windowsize=(60,100)):
    arr = image[:,:] #This makes a copy of image, so that when the buffers are 
                     #added for the following process, the input image (image) 
                     #is not modified.
    h = windowsize[0]
    w = windowsize[1]
    hbuffer = np.zeros((h/2,arr.shape[1]))
    arr = np.concatenate((hbuffer,arr,hbuffer),axis=0) #Buffer takes care of situations
                                                       #where the crop window extends
                                                       #beyond input image dimensions         
    wbuffer = np.zeros((arr.shape[0],w/2))
    arr = np.concatenate((wbuffer,arr,wbuffer),axis=1)
    narr = np.zeros((f.shape[0],h,w)) #Initialize array of crop windows
    for i in range(f.shape[0]):
        crop_arr = arr[f.get_value(i,'y'):f.get_value(i,'y') + h,f.get_value(i,'x'):f.get_value(i,'x') + w]   #THIS MIGHT BE BACKWARDS
        narr[i] = crop_arr
    return narr

def ID(f,image,windowsize=(60,100)):
    arr = framer(f,image,windowsize=(60,100))
    f_cop = f[:]
    reslist = np.zeros((arr.shape[0]))
    for i in range(arr.shape[0]):
        plt.imshow(arr[i],cmap='gray')
        plt.annotate('particle '+repr(i),xy=(f.get_value(i,'x'),\
        f.get_value(i,'y')),xytext=(f.get_value(i,'x')+20,f.get_value(i,'y')+20),\
        arrowprops=dict(facecolor='red', shrink=0.05),fontsize=12,color='r')

        res = input('Is this a cell? 1 for yes, 0 for no, 5 to exit')
        if res == 1 or res == 0:
            reslist[i] = res
        if res == 5:
            break
        else:
            print('Must give a valid input! (0,1 or 5)')
    f_cop['res'] = reslist
    return f_cop[f_cop.res == 1]

Answer 1

尝试类似：

fig, ax = plt.subplots(1, 1)


for i in range(arr.shape[0]):
    ax.cla()
    im = ax.imshow(arr[i], cmap='gray', interpolation='nearest')
    plt.annotate('particle ' + repr(i), xy=(f.get_value(i, 'x'), f.get_value(i,'y')),
                  xytext=(f.get_value(i,'x')+20, f.get_value(i,'y')+20),
                  arrowprops=dict(facecolor='red', shrink=0.05),
                  fontsize=12,color='r')
    fig.canvas.draw()
    res = None
    while res not in (0, 1, 5):
        res = input('Is this a cell? 1 for yes, 0 for no, 5 to exit')
    if res == 1 or res == 0:
        reslist[i] = res
    elif res == 5:
        break
    else:
        print "should never get here"

你应该尽量避免使用pyplot编写脚本，状态机会给你带来很大的麻烦。

将imshow与用户输入相结合

1 个答案: