Question

在我目前正在编写的代码中，我有一个名为codon_dict的字典，其中包含所有三个字母密码子的列表，这些密码子转换为各自的氨基酸。我还有一个名为rnaCodonTable的表，其值为单字母氨基酸，键是与其对应的三字母密码子。我想要做的是获得一个rna基本字符串，每三个碱基对，将其识别为我的字典中的密码子，并将其转换为他们编码的单个字母氨基酸。这是我到目前为止的设置：

for i in range (0, len(self.codon_dict), 3): 
            codon = self.codon_dict[i:i+3] 
            print (codon)
            if codon in NucParams.codon_dict():
                self.codon_dict[codon] +=1

#codons are then converted to amino acids.
            temp_aa = NucParams.rnaCodonTable(codon)
            if temp_aa in self.aa_dict:
                self.aa_dict[temp_aa] += 1

我收到此错误消息：codon = self.codon_dict [i：i + 3] TypeError：不可用类型：＆＃39; slice＆＃39;

我不确定我在这里做错了什么。有人可以向我解释错误吗？

以下是rnaCodonTable的样子：

 rnaCodonTable = {
    # RNA codon table
    # U
    'UUU': 'F', 'UCU': 'S', 'UAU': 'Y', 'UGU': 'C', # UxU
    'UUC': 'F', 'UCC': 'S', 'UAC': 'Y', 'UGC': 'C', # UxC
    'UUA': 'L', 'UCA': 'S', 'UAA': '-', 'UGA': '-', # UxA
    'UUG': 'L', 'UCG': 'S', 'UAG': '-', 'UGG': 'W', # UxG
    # C
    'CUU': 'L', 'CCU': 'P', 'CAU': 'H', 'CGU': 'R', # CxU
    'CUC': 'L', 'CCC': 'P', 'CAC': 'H', 'CGC': 'R', # CxC
    'CUA': 'L', 'CCA': 'P', 'CAA': 'Q', 'CGA': 'R', # CxA
    'CUG': 'L', 'CCG': 'P', 'CAG': 'Q', 'CGG': 'R', # CxG
    # A
    'AUU': 'I', 'ACU': 'T', 'AAU': 'N', 'AGU': 'S', # AxU
    'AUC': 'I', 'ACC': 'T', 'AAC': 'N', 'AGC': 'S', # AxC
    'AUA': 'I', 'ACA': 'T', 'AAA': 'K', 'AGA': 'R', # AxA
    'AUG': 'M', 'ACG': 'T', 'AAG': 'K', 'AGG': 'R', # AxG
    # G
    'GUU': 'V', 'GCU': 'A', 'GAU': 'D', 'GGU': 'G', # GxU
    'GUC': 'V', 'GCC': 'A', 'GAC': 'D', 'GGC': 'G', # GxC
    'GUA': 'V', 'GCA': 'A', 'GAA': 'E', 'GGA': 'G', # GxA
    'GUG': 'V', 'GCG': 'A', 'GAG': 'E', 'GGG': 'G' # GxG
    }

Answer 1

有人可以向我解释错误吗？

字典是一个关键的查找表，键必须是可清除的。在您的代码中，i:i:3的值是不可用的类型 slice ，它不能是字典的键。

以下是您的错误的简化版本，使用其他不可用类型，列表：

>>> d = {}  # An empty dictionary
>>> d[[1,2]] = 3
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
TypeError: unhashable type: 'list'

我想我明白你要做什么，我相信你有一个代表RNA链的字符串，就像这样：

s = 'AUUGCUAAAAAGGAGGAUUUUCG'

您希望从rnaCodonTable字典中获取相应的密码。

所以，问题是将RNA链分成三个字母位，然后你可以在密码表中查找：

为了让生活更轻松，请使用grouper recipe：

from itertools import izip_longest

def grouper(iterable, n, fillvalue=None):
    "Collect data into fixed-length chunks or blocks"
    # grouper('ABCDEFG', 3, 'x') --> ABC DEF Gxx
    args = [iter(iterable)] * n
    return izip_longest(fillvalue=fillvalue, *args)

s = 'AUUGCUAAAAAGGAGGAUUUUCG'

codons = []

for pair in grouper(s, 3):
    codons.append(rna_codon_table[''.join(pair)])

print('Codons: {}'.format(''.join(codons))

grouper将返回一个元组，我们的键是字符串，因此我们使用空字符串连接元组以创建三个字母的配对：

>>> for pair in grouper(s, 3):
...    print(pair)
...
('A', 'U', 'U')
('G', 'C', 'U')
('A', 'A', 'A')
('A', 'A', 'A')
('G', 'G', 'A')
('G', 'G', 'U')
('U', 'U', 'U')
('U', 'C', 'G')
>>> for pair in grouper(s,3):
...     print(''.join(pair))
...
AUU
GCU
AAA
AAA
GGA
GGU
UUU
UCG

接下来，我们获取与每个三个字母对相对应的密码子并将它们存储在列表中。最后，我们将列表作为字符串打印出来。

您可以将循环组合到生成器中，然后直接使用它，如下所示：

codons = ''.join(rna_codon_table[''.join(pair)] for pair in grouper(s, 3))

我根据Python style guide更改了字典的大小写。

尝试转换rna字符串时出现不可用类型错误

1 个答案: