只用所需的碱清洗序列？

Question

我有一个FastA文件，对于输出我只想要打印文件中的序列。我有这个，但我也只想从那个序列打印某些字母 - （A，C，T，G，N和U）。有人可以给我一个大纲，告诉我如何做这个for循环，任何机会？这就是我在我的＆＃34;清洁序列＆＃34;方法，但我认为格式是关闭的。 nucParams是我的班级。：

clean = ''
        for aa in self.fastAsequence:
            if letter in nucParams.base_list:
                clean += letter
                self.clean = clean
            print(self.clean)

以下是我放入代码的 init 部分的列表：

base_list =（＆＃34; A＆＃34;，＆＃34; C＆＃34;，＆＃34; T＆＃34;，＆＃34; G＆＃34;，＆＃34; N＆＃34; ，＆＃34; U＆＃34;）

Answer 1

您需要定义letter。大概是：

for letter in self.fastAsequence:

但请注意：

clean += letter

self.fastAsequence越长，

将变得指数级慢。所以你可能想把字母收集到一个数组中，然后在最后做一个join。

每次循环打印clean都会减慢速度并产生大量输出。