Question

我的数据如下所示：

Fasting_glucose sample  Prevotella  Turicibacter    Mitsuokella Description
138 PCS119F 0.005782    0   0   Known_Diabetic
114 PCS119M 0.062654    0.000176    0.020358    New_Diagnosed
100 PCS11F  0.33044 0.000469    0.000352    New_Diagnosed
88  PCS120M 0.097811    0.000135    0   Normoglycemic
228 PCS125F 0.17703 0.000264    0.06429 Known_Diabetic
98  PCS127M 0.466902    0   0.011735    Normoglycemic
148 PCS130F 0.186682    0   0.000131    New_Diagnosed
233 PCS132F 0.003126    0   0   Known_Diabetic

我想使用lm函数绘制Fasting_glucose与所有其他列之间的简单线性回归，使用描述列作为分组变量。

目前，我正在尝试使用以下脚本：

Prevotella<-ggplot(fasting.glucose, aes(Fasting_glucose, Prevotella)) +
geom_point() +
geom_smooth(method="lm")+ geom_point(aes(size = Fasting_glucose))+geom_point(aes(fill=Description, size=Fasting_glucose),  shape=21)+theme(panel.background = element_rect(fill='white', colour='black')) + theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank())

但它一次只生产一个地块。

所以我想问一下如何应用lm函数并一次为所有列绘制它。

Answer 1

您需要将数据tidy与ggplot2一起使用。这意味着加载reshape2包并使用melt函数。

library(ggplot2)
library(reshape2)

x <- read.table(text = "Fasting_glucose sample  Prevotella  Turicibacter    Mitsuokella Description
138 PCS119F 0.005782    0   0   Known_Diabetic
114 PCS119M 0.062654    0.000176    0.020358    New_Diagnosed
100 PCS11F  0.33044 0.000469    0.000352    New_Diagnosed
88  PCS120M 0.097811    0.000135    0   Normoglycemic
228 PCS125F 0.17703 0.000264    0.06429 Known_Diabetic
98  PCS127M 0.466902    0   0.011735    Normoglycemic
148 PCS130F 0.186682    0   0.000131    New_Diagnosed
233 PCS132F 0.003126    0   0   Known_Diabetic", header = TRUE)

y <- melt(x, id.vars = c("Fasting_glucose", "sample", "Description"))

ggplot(y, aes(Fasting_glucose, value, colour = Description)) + geom_point() +
geom_smooth(method = "lm") + facet_wrap(~ variable)

在data.frame中的allcolumns上使用ggplot2作为lm函数

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