Question

我正在尝试使用openbabel库编写一些程序，其中一个是从sdf文件中提取数据的简单程序。但我有一个功能，我有FormatFromExt不起作用。无论我传递什么输入参数，函数调用都会返回NULL。

OpenBabel::OBFormat *inputFormat = conv.FormatFromExt(argv[1]);
// This method fails, returns NULL ^^
if (!inputFormat || !conv.SetInFormat(inputFormat)) {
  char buf[256];
  sprintf(buf, "Could not find input format for file: %s", inputFormat);
  cerr << buf << endl;
  exit(0);
}

此类的其他方法OBConversion也返回NULL，例如SetInfFormat，FindFormat和Read。

我已经验证了argv [1]确实保存了输入文件的路径，并且该文件具有openbabel库的有效扩展名。我还包括所有必要的头文件。在一台机器上，此代码完美运行。另一方面，方法失败了。该程序在两者上完美编译。什么会导致这样的事情发生？

我正在使用的openbabel库是共享对象文件。

Answer 1

好的，所以这似乎是一个配置错误。基本上，它似乎在寻找.so文件，并且在远程机器上找不到任何文件。

所以，让我们看看两条痕迹，从它们发散的地方开始。它不难找到，因为它基本上是在失败的跟踪结束时。首先，让我们看一下有效的方法：

openat(AT_FDCWD, "/usr/local/lib/openbabel/2.3.2", O_RDONLY|O_NONBLOCK|O_DIRECTORY|O_CLOEXEC) = 5
brk(0x1199000)                          = 0x1199000
getdents(5, /* 112 entries */, 32768)   = 4200
getdents(5, /* 0 entries */, 32768)     = 0
close(5)                                = 0
futex(0x7f7fbacf90b0, FUTEX_WAKE_PRIVATE, 2147483647) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/castepformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5
read(5, "\177ELF\2\1\1\3\0\0\0\0\0\0\0\0\3\0>\0\1\0\0\0\340.\0\0\0\0\0\0"..., 832) = 832
fstat(5, {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=521866, ...}) = 0
mmap(NULL, 2126352, PROT_READ|PROT_EXEC, MAP_PRIVATE|MAP_DENYWRITE, 5, 0) = 0x7f7fba3db000
mprotect(0x7f7fba3e2000, 2093056, PROT_NONE) = 0
mmap(0x7f7fba5e1000, 8192, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_FIXED|MAP_DENYWRITE, 5, 0x6000) = 0x7f7fba5e1000
close(5)                                = 0
mprotect(0x7f7fba5e1000, 4096, PROT_READ) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/xedformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5
read(5, "\177ELF\2\1\1\3\0\0\0\0\0\0\0\0\3\0>\0\1\0\0\0\260'\0\0\0\0\0\0"..., 832) = 832
fstat(5, {st_mode=S_IFREG|0644, st_size=432606, ...}) = 0
mmap(NULL, 2118032, PROT_READ|PROT_EXEC, MAP_PRIVATE|MAP_DENYWRITE, 5, 0) = 0x7f7fba1d5000
mprotect(0x7f7fba1da000, 2093056, PROT_NONE) = 0
mmap(0x7f7fba3d9000, 8192, PROT_READ|PROT_WRITE, MAP_PRIVATE|MAP_FIXED|MAP_DENYWRITE, 5, 0x4000) = 0x7f7fba3d9000
close(5)                                = 0
mprotect(0x7f7fba3d9000, 4096, PROT_READ) = 0
open("/usr/local/lib/openbabel/2.3.2/PQSformat.so", O_RDONLY|O_CLOEXEC) = 5

打开目录/usr/local/lib/openbabel/2.3.2，然后读取其中的所有条目。有4200个字节的条目。然后它按顺序加载一堆.so文件（共享库）。这些可能是它在/usr/local/lib/openbabel/2.3.2中找到的。

好的，现在让我们看一下失败的那个：

open("/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib/openbabel", O_RDONLY|O_NONBLOCK|O_DIRECTORY|O_CLOEXEC) = 5
fcntl(5, F_GETFD)                       = 0x1 (flags FD_CLOEXEC)
brk(0x1dd6000)                          = 0x1dd6000
getdents(5, /* 3 entries */, 32768)     = 80
getdents(5, /* 0 entries */, 32768)     = 0
brk(0x1dce000)                          = 0x1dce000
close(5)                                = 0
write(2, "Could not find input format for "..., 76Could not find input format for file: files/Compound_014725001_014750000.sdf) = 76

它会打开/tools/cluster/6.2/openbabel/2.3.2/lib/openbabel。然后它只读取80个字节的条目，大概是因为该目录为空或接近空。然后立即打印错误消息。

看来配置指向错误的目录，或者目录从未填充所有.so文件。请注意，在两种情况下都发现Compound_014725001_014750000.sdf正常。如果您从我开始引用的位置看上面的几行，您可以看到打开的系统调用。

C ++程序在两台不同的机器上编译。共享库在一个上正常工作。另一方面，类方法返回NULL

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