转换为(不是)ipython Notebook格式

时间:2014-04-25 11:48:08

标签: python ipython ipython-notebook jupyter-notebook

IPython Notebook附带nbconvert,可以笔记本导出为其他格式。但是如何以相反的方向转换文本?我问,因为我已经拥有不同格式的材料和良好的工作流程,但我想利用Notebook的互动环境。

可能的解决方案:可以通过导入.py文件来创建笔记本,并且文档指出当nbconvert将笔记本导出为python脚本时,它会在可以使用的注释中嵌入指令重新创建笔记本。但是有关此方法的局限性的a disclaimer信息附带,并且我所能找到的任何地方都没有记录可接受的格式。 (奇怪的是,在描述笔记本JSON format的部分中显示了一个示例)。任何人都可以提供更多信息或更好的替代方案吗?

编辑(2016年3月1日):已接受的答案不再有效,因为出于某种原因,Notebook API的第4版不支持此输入格式。 我添加了a self-answer ,展示了如何使用当前(v4)API导入笔记本。 (我不是不接受当前的答案,因为它解决了我当时的问题并指出了我在自我回答中使用的资源。)

10 个答案:

答案 0 :(得分:31)

以下适用于IPython 3,但不适用于IPython 4.

IPython API具有读写笔记本文件的功能。您应该使用此API而不是直接创建JSON。例如,以下代码段将脚本test.py转换为笔记本test.ipynb

import IPython.nbformat.current as nbf
nb = nbf.read(open('test.py', 'r'), 'py')
nbf.write(nb, open('test.ipynb', 'w'), 'ipynb')

关于nbf.read理解的.py文件格式,最好只查看解析器类IPython.nbformat.v3.nbpy.PyReader。代码可以在这里找到(它不是很大):

<击> https://github.com/ipython/ipython/blob/master/jupyter_nbformat/v3/nbpy.py

编辑:这个答案最初是为IPyhton 3编写的。我不知道如何使用IPython 4正确地做到这一点。这是上面链接的更新版本,指向来自IPython 3.2.1版本的nbpy.py版本:

https://github.com/ipython/ipython/blob/rel-3.2.1/IPython/nbformat/v3/nbpy.py

基本上,您使用# <codecell># <markdowncell>等特殊注释来分隔各个单元格。查看line.startswith中的PyReader.to_notebook语句以获取完整列表。

答案 1 :(得分:29)

由于接受的答案中的代码不再起作用,我已添加此自我答案,演示如何使用当前(v4)API导入笔记本。

输入格式

IPython Notebook API的第2版和第3版可以导入带有特殊结构注释的python脚本,并根据需要将其分解为单元格。这是一个示例输入文件(原始文档here)。前两行被忽略,并且是可选的。 (实际上,读者会忽略文件中任意位置的coding:<nbformat>行。)

# -*- coding: utf-8 -*-
# <nbformat>3.0</nbformat>

# <markdowncell>

# The simplest notebook. Markdown cells are embedded in comments, 
# so the file is a valid `python` script. 
# Be sure to **leave a space** after the comment character!

# <codecell>

print("Hello, IPython")

# <rawcell>

# Raw cell contents are not formatted as markdown

(API还接受过时的指令<htmlcell><headingcell level=...>,这些指令会立即转换为其他类型。)

如何导入

出于某种原因,Notebook API的第4版不支持此格式。它仍然是一个很好的格式,因此通过导入版本3和升级来支持它是值得的。 原则上它只有两行代码,加上i / o:

from IPython.nbformat import v3, v4

with open("input-file.py") as fpin:
    text = fpin.read()

nbook = v3.reads_py(text)
nbook = v4.upgrade(nbook)  # Upgrade v3 to v4

jsonform = v4.writes(nbook) + "\n"
with open("output-file.ipynb", "w") as fpout:
    fpout.write(jsonform)

但不是那么快!实际上,笔记本API有一个令人讨厌的错误:如果输入中的最后一个单元格是降价单元格,v3.reads_py()将失去它。最简单的解决方法是在最后处理一个伪造的<markdown>单元格:该错误将删除它,每个人都很高兴。在将text传递给v3.reads_py()之前,请执行以下操作:

text += """
# <markdowncell>

# If you can read this, reads_py() is no longer broken! 
"""

答案 2 :(得分:9)

我知道很老的问题。但是有jupytext(也可以在pypi上使用)可以将ipynb转换成几种格式,然后再转换回来。

在安装jupytext后,您可以使用

$ jupytext --to notebook test.py

以生成test.ipynb

jupytext具有许多有趣的功能,在使用笔记本电脑时可以派上用场。


此处是该主题的a more recent question

答案 3 :(得分:8)

Python代码示例如何构建IPython笔记本V4:

# -*- coding: utf-8 -*-
import os
from base64 import encodestring

from IPython.nbformat.v4.nbbase import (
    new_code_cell, new_markdown_cell, new_notebook,
    new_output, new_raw_cell
)

# some random base64-encoded *text*
png = encodestring(os.urandom(5)).decode('ascii')
jpeg = encodestring(os.urandom(6)).decode('ascii')

cells = []
cells.append(new_markdown_cell(
    source='Some NumPy Examples',
))


cells.append(new_code_cell(
    source='import numpy',
    execution_count=1,
))

cells.append(new_markdown_cell(
    source='A random array',
))

cells.append(new_raw_cell(
    source='A random array',
))

cells.append(new_markdown_cell(
    source=u'## My Heading',
))

cells.append(new_code_cell(
    source='a = numpy.random.rand(100)',
    execution_count=2,
))
cells.append(new_code_cell(
    source='a = 10\nb = 5\n',
    execution_count=3,
))
cells.append(new_code_cell(
    source='a = 10\nb = 5',
    execution_count=4,
))

cells.append(new_code_cell(
    source=u'print "ünîcødé"',
    execution_count=3,
    outputs=[new_output(
        output_type=u'execute_result',
        data={
            'text/plain': u'<array a>',
            'text/html': u'The HTML rep',
            'text/latex': u'$a$',
            'image/png': png,
            'image/jpeg': jpeg,
            'image/svg+xml': u'<svg>',
            'application/json': {
                'key': 'value'
            },
            'application/javascript': u'var i=0;'
        },
        execution_count=3
    ),new_output(
        output_type=u'display_data',
        data={
            'text/plain': u'<array a>',
            'text/html': u'The HTML rep',
            'text/latex': u'$a$',
            'image/png': png,
            'image/jpeg': jpeg,
            'image/svg+xml': u'<svg>',
            'application/json': {
                'key': 'value'
            },
            'application/javascript': u'var i=0;'
        },
    ),new_output(
        output_type=u'error',
        ename=u'NameError',
        evalue=u'NameError was here',
        traceback=[u'frame 0', u'frame 1', u'frame 2']
    ),new_output(
        output_type=u'stream',
        text='foo\rbar\r\n'
    ),new_output(
        output_type=u'stream',
        name='stderr',
        text='\rfoo\rbar\n'
    )]
))

nb0 = new_notebook(cells=cells,
    metadata={
        'language': 'python',
    }
)

import IPython.nbformat as nbf
import codecs
f = codecs.open('test.ipynb', encoding='utf-8', mode='w')
nbf.write(nb0, f, 4)
f.close()

答案 4 :(得分:6)

考虑到Volodimir Kopey的例子,我整理了一个简单的脚本,将.ipynb导出的.py转换回V4 .ipynb。

当我编辑(在适当的IDE中)我从笔记本导出的.py时,我一起攻击了这个脚本,我想回到Notebook,逐个单元地运行它。

该脚本仅处理代码单元格。无论如何,导出的.py不包含太多其他内容。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<PreferenceScreen
    xmlns:android="http://schemas.android.com/apk/res/android">
    <PreferenceCategory
        android:key="prefNotification"
        android:title="@string/prefNotification"
        android:summary="@string/pref_notify_summary">
        <CheckBoxPreference
            android:id="@+id/checkBoxPref1"
            android:key="checkBoxPref1"
            android:summary="@string/checkBoxPref1"
            android:defaultValue="false"/>
        <CheckBoxPreference
            android:id="@+id/checkBoxPref2"
            android:key="checkBoxPref2"
            android:summary="@string/checkBoxPref2"
            android:defaultValue="true"/>
        <CheckBoxPreference
            android:id="@+id/checkBoxPref3"
            android:key="checkBoxPref3"
            android:summary="@string/checkBoxPref3"
            android:defaultValue="false"/>
    </PreferenceCategory>
</PreferenceScreen>

没有保证,但它对我有用

答案 5 :(得分:4)

自由采取和修改P.Toccateli和alexis的代码,以便它也可以与pycharm和Spyder一样使用细胞标记并在github上发布。

答案 6 :(得分:3)

我为vscode写了一个可能有帮助的扩展。它将python文件转换为ipython笔记本。它处于早期阶段,因此如果发生任何错误,请随时提交问题。

Jupyter Notebook Converter

答案 7 :(得分:1)

希望我还不算太晚。

我刚刚在PyPI上发布了一个名为 p2j 的Python软件包。该软件包从Python源代码.ipynb创建Jupyter笔记本.py

pip install p2j
p2j script.py

.py文件生成的Jupyter笔记本示例:

Example of .ipynb generated from a .py file

PyPI:https://pypi.org/project/p2j/

GitHub:https://github.com/raibosome/python2jupyter

答案 8 :(得分:1)

@ p-toccaceli答案有一些改进。 现在,它还还原降价单元。此外,它会修剪每个单元格的空悬挂线。

    import nbformat
    from nbformat.v4 import new_code_cell,new_markdown_cell,new_notebook

    import codecs

    sourceFile = "changeMe.py"     # <<<< change
    destFile = "changeMe.ipynb"    # <<<< change


    def parsePy(fn):
        """ Generator that parses a .py file exported from a IPython notebook and
    extracts code cells (whatever is between occurrences of "In[*]:").
    Returns a string containing one or more lines
    """
        with open(fn,"r") as f:
            lines = []
            for l in f:
                l1 = l.strip()
                if l1.startswith('# In[') and l1.endswith(']:') and lines:
                    yield ("".join(lines).strip(), 0)
                    lines = []
                    continue
                elif l1.startswith('# ') and l1[2:].startswith('#') and lines:
                    yield ("".join(lines).strip(), 0)

                    yield (l1[2:].strip(), 1)
                    lines = []
                    continue
                lines.append(l)
            if lines:
                yield ("".join(lines).strip(), 0)

    # Create the code cells by parsing the file in input
    cells = []
    for c, code in parsePy(sourceFile):
        if len(c) == 0:
            continue
        if code == 0:
            cells.append(new_code_cell(source=c))
        elif code == 1:
            cells.append(new_markdown_cell(source=c))

    # This creates a V4 Notebook with the code cells extracted above
    nb0 = new_notebook(cells=cells,
                       metadata={'language': 'python',})

    with codecs.open(destFile, encoding='utf-8', mode='w') as f:
        nbformat.write(nb0, f, 4)

答案 9 :(得分:0)

您可以使用https://github.com/sklam/py2nb

中的脚本py2nb

您必须为* .py使用某种语法,但使用起来相当简单(查看'samples'文件夹中的示例)

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