Question

如何在python中使用graph-tool在邻接矩阵中创建图形？假设我们有adj矩阵作为邻接矩阵。

我现在做的是这样的：

        g = graph_tool.Graph(directed = False)
        g.add_vertex(len(adj))
        edge_weights = g.new_edge_property('double')
        for i in range(adj.shape[0]):
            for j in range(adj.shape[1]):
                if i > j and adj[i,j] != 0:
                    e = g.add_edge(i, j)
                    edge_weights[e] = adj[i,j]

但它感觉不对，我们有更好的解决方案吗？

（我猜这个标签的正确标签是graph-tool，但我无法添加，有足够权限的某人可以制作标签？）

Answer 1

图表工具现在包含一个向图表添加边缘列表的功能。你现在可以做，例如：

adj = numpy.random.randint(0, 2, (100, 100)) # a random directed graph
g = Graph()
g.add_edge_list(transpose(adj.nonzero()))

Answer 2

这应该是对Tiago's answer的评论，但我没有足够的声誉。

对于graph_tool的最新版本（2.26），我相信那里缺少转置。邻接矩阵的i,j条目表示从顶点j到顶点i的边的权重，因此它应该是

g.add_edge_list(transpose(transpose(adj).nonzero()))

Answer 3

这是Tiago对加权图的答案的扩展：

adj = numpy.random.randint(0, 10, (100, 100)) # a random directed graph
idx = adj.nonzero()
weights = adj[idx]
g = Graph()
g.add_edge_list(transpose(idx)))

#add weights as an edge propetyMap
ew = g.new_edge_property("double")
ew.a = weights 
g.ep['edge_weight'] = ew

从graph-tool，python接口中的邻接矩阵创建加权图

3 个答案: