Question

当我使用带有多边形的stat_contour时，某些区域不应该被填充，因为那里没有数据，我在图中标记了它们。有谁知道如何避免这种情况？另外，轴和绘图区域之间有空格，如何删除它？！

以下是绘图代码：

plot_contour <- function (da, native ) {
  h2d<-hist2d(da$germ_div,da[[native]],nbins=40,show=F)
  h2d$counts<-h2d$counts+1
  counts<-log(h2d$counts, base=10)
  rownames(counts)<-h2d$x
  colnames(counts)<-h2d$y
  counts<-melt(counts)
  names(counts)<-c('x','y','z')
  ggplot(counts,aes(x,y))+

  stat_contour(expand=c(0,0),aes(z=z,fill=..level..),geom='polygon')+
  stat_contour( data=counts[counts$x<=75,],aes(z=z,fill=..level..),bins=50,geom='polygon')+
  scale_fill_gradientn(expand=c(0,0),colours=rainbow(1000),
                     limits=c(log(2,base=10),4),na.value='white',guide=F)+
  geom_contour(aes(z=z,colour=..level..),size=1.5)+
  scale_color_gradientn(colours=rainbow(30),limits=c(log(2,base=10),4),na.value='white', 
                            guide=F) + theme_bw()+
  scale_x_continuous(expand=c(0,0),limits=c(0,50))+ 
 scale_y_continuous(expand=c(0,0),limits=c(40,100))+ 
  labs(x=NULL, y=NULL, title=NULL)+ 
       theme(axis.text.x = element_text(family='Times', colour="black", size=20, angle=NULL, 
             hjust=NULL,vjust=NULL,face="plain"),
             axis.text.y = element_text( family='Times', colour="black", size=20,angle=NULL, 
             hjust=NULL,vjust=NULL,face="plain")
          )

       }

da<-read.table('test.txt',header=T)
i<-'test'

plot_contour(da,i)

Answer 1

这不符合评论，因此张贴作为答案：

stat_contour不处理未完全关闭的多边形。此外，在手动设置垃圾箱时会出现精度问题，从而导致实际的轮廓计算变得很糟糕（当轮廓箱与绘图数据相同但由于精度问题而无法识别时，会发生这种情况）

您可以通过在每个方向上将网格扩展1来解决第一个问题，然后将矩阵中的每个值设置为低于您关注的最低值，使其达到某个任意低的值。这将强制轮廓计算关闭否则将在绘图边缘打开的所有多边形。然后，您可以使用coord_cartesian(xlim=c(...))设置限制，以使轴与图表齐平。

第二个问题我不知道在不修改ggplot代码的情况下解决的好方法。您可能不会受此问题的影响。

Answer 2

@BrodieG 你的答案是正确的，但没有一些代码就有点困难。

使用适当的x，y值（这些是最佳猜测）添加以下行，可以使事情更清晰：

   xlim(-10, 60)+
   ylim(30, 120)+
   coord_cartesian(xlim=c(0, 50),ylim=c(40, 100))

r stat_contour填充多边形不正确

2 个答案: