Question

我在将data.table用于roxygen2导出函数时遇到问题。

这是一个名为foo.R的文件中的一个简单假函数（位于我的软件包的R目录中），它使用data.table：

#' Data.table test function
#' @export
foo <- function() {
  m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
  print(is.data.table(m))
  m[,sum(c1)]
}

如果我将此功能复制并粘贴到R中，此功能正常工作：

> foo <- function() {
+   m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
+   print(is.data.table(m))
+   m[,sum(c1)]
+ }
> foo()
[1] TRUE
[1] 6

但是，如果我只是加载导出的函数，R认为data.table是一个data.frame并且中断：

> rm(foo)
> load_all()
Loading test_package
> foo
function() {
  m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
  print(is.data.table(m))
  m[,sum(c1)]
}
<environment: namespace:test_package>
> foo()
[1] TRUE
Error in `[.data.frame`(x, i, j) : object 'c1' not found

什么了？

更新

感谢@GSee的帮助。看起来这实际上是一个devtools问题。查看下面的交互式命令行代码。

加载test_package库后，foo正确运行：

> foo
function ()
{
    m <- data.table(c1 = c(1, 2, 3))
    print(is.data.table(m))
    m[, sum(c1)]
}
<environment: namespace:test_package>
> foo()
[1] TRUE
[1] 6

运行load_all()会打破foo：

> load_all()
Loading test_package
> foo()
[1] TRUE
Error in `[.data.frame`(x, i, j) : object 'c1' not found

以某种方式source('R/foo.R')恢复foo功能：

> source('R/foo.R')
> foo
function() {
  m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
  print(is.data.table(m))
  m[,sum(c1)]
}
> foo()
[1] TRUE
[1] 6

以后拨打load_all()的电话不会再次中断foo：

> load_all()
Loading test_package
> foo
function() {
  m <- data.table(c1 = c(1,2,3))
  print(is.data.table(m))
  m[,sum(c1)]
}
> foo()
[1] TRUE
[1] 6

此外，我更新了devtools 1.5并尝试添加.datatable.aware=TRUE，但这似乎没有做任何事情。

Answer 1

正如@GSee指出的那样（在评论下）似乎仍然是this issue。

为了确定某个包是否 data.table aware ，data.table调用函数cedta()，即：

> data.table:::cedta
function (n = 2L) 
{
    te = topenv(parent.frame(n))
    if (!isNamespace(te)) 
        return(TRUE)
    nsname = getNamespaceName(te)
    ans = nsname == "data.table" || "data.table" %chin% names(getNamespaceImports(te)) || 
        "data.table" %chin% tryCatch(get(".Depends", paste("package", 
            nsname, sep = ":"), inherits = FALSE), error = function(e) NULL) || 
        (nsname == "utils" && exists("debugger.look", parent.frame(n + 
            1L))) || nsname %chin% cedta.override || identical(TRUE, 
        tryCatch(get(".datatable.aware", asNamespace(nsname), 
            inherits = FALSE), error = function(e) NULL))
    if (!ans && getOption("datatable.verbose")) 
        cat("cedta decided '", nsname, "' wasn't data.table aware\n", 
            sep = "")
    ans
}
<bytecode: 0x7ff67b9ca190>
<environment: namespace:data.table>

此处的相关检查是：

"data.table" %chin% get(".Depends", paste("package", nsname, sep=":"), inherits=FALSE)

如果依赖于 <{1}}，上述命令应该返回data.table - 也就是说，如果您通过TRUE安装了软件包，然后加载了包。这是因为，当您加载包时，R默认情况下也会在命名空间中创建一个“.Depends”变量。如果你这样做了：

R CMD INSTALL

但是，当你执行ls("package:test", all=TRUE) # [1] ".Depends" "foo"时，似乎没有设置此变量。

devtools:::load_all()

所以，# new session + set path to package's dir devtools:::load_all() ls("package:test", all=TRUE) # [1] "foo"并不知道这个包确实依赖 cedta()。但是，当您手动设置data.table时，行：

.datatable.aware=TRUE

执行

，返回TRUE，从而克服了问题。但是identical(TRUE, get(".datatable.aware", asNamespace(nsname), inherits = FALSE))没有将devtools变量放在包的命名空间中的事实仍然存在。

总而言之，.Depends确实存在问题。

导出函数中的R data.table中断

1 个答案: