将HDF5文件转换为其他格式

Question

我有几个大文件集的HDF5文件，我正在寻找一种有效的方法将这些文件中的数据转换为XML，TXT或其他一些易于阅读的格式。我尝试使用Python包（www.h5py.org），但我无法弄清楚任何方法，我可以足够快地完成这些工作。我不仅限于Python，还可以使用Java，Scala或Matlab编写代码。有人可以就如何处理这个问题给我一些建议吗？

谢谢，

TM

Answer 1

Mathias711的方法是最直接的方法。如果你想在python中做，那么使用pandas.HDFStore：

from pandas import HDFStore

store = HDFStore('inputFile.hd5')

store['table1Name'].to_csv('outputFileForTable1.csv')

Answer 2

您可以使用h5dump -o dset.asci -y -w 400 dset.h5

• -o dset.asci指定输出文件
• -y -w 400指定尺寸大小乘以打印每个值所需的位置数和间距数。你应该在这里采取一个非常大的数字。
• dset.h5当然是您要转换的hdf5文件

我认为这是将其转换为ascii文件的最简单方法，您可以将其导入excel或任何您想要的内容。我做了几次，它对我有用。我从this网站获取了他的信息。