Question

我正在尝试将文本文件读入R中，因此我可以使用sqldf函数。我正在关注这个例子，https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-January/152040.html，但是我有一个文本文件来保存我的数据，而不是像示例那样粘贴的数据。我的文本文件如下：

#"test.table.1.0" file has this contents:
id  Source
1     A10
2     A32
3     A10
4     A25

我按照示例

尝试了这个

test_table <- read.table(textConnection("test.table.1.0"))

我可以看到问题是textConnection应该采用字符向量，我给它一个data.frame，但通过as.character转换它也失败了。最终，我想运行这样的查询：

sqldf("select test_table.source from test_table");

Answer 1

可以使用read.csv.sql（）或sqldf包中的read.csv2.sql（）直接进入SQLITE。

从在线手册：

Link

示例13. read.csv.sql和 read.csv2.sql read.csv.sql是一个 sqldf的接口就像 R中的read.csv除了它之外提供sql =参数而不是全部 read.csv的其他参数是支持的。它使用（1）SQLite的导入设施通过RSQLite读取输入将文件转换为基于磁盘的临时文件在上创建的SQLite数据库苍蝇（2）然后它使用提供的这样读取表的SQL语句创建成R.作为第一步将数据直接导入SQLite 没有经过R它可以处理比R本身可以处理的文件更大只要SQL语句过滤它达到R可以处理的大小。这里是示例6c使用此重做设施：

# Example 13a. 
library(sqldf) 

write.table(iris, "iris.csv", sep = ",", quote = FALSE, row.names = FALSE) 
iris.csv <- read.csv.sql("iris.csv",  
        sql = "select * from file where Sepal_Length > 5") 

# Example 13b.  read.csv2.sql.  Commas are decimals and ; is sep. 

library(sqldf) 
Lines <- "Sepal.Length;Sepal.Width;Petal.Length;Petal.Width;Species 
5,1;3,5;1,4;0,2;setosa 
4,9;3;1,4;0,2;setosa 
4,7;3,2;1,3;0,2;setosa 
4,6;3,1;1,5;0,2;setosa 
" 
cat(Lines, file = "iris2.csv") 

iris.csv2 <- read.csv2.sql("iris2.csv", sql = "select * from file where Sepal_Length > 5")

Answer 2

如果你的数据不是那么大，read.table（）效果很好。如果你有数据，你可能会发现read.table或read.csv有点慢。在这种情况下，可以使用sqldf包直接从R读取数据到sqlite。这是一个例子：

library(sqldf)
f <- file(“test.table.1.0”)
bigdf <- sqldf(“select * from f”, dbname = tempfile(),
   file.format = list(header = T, row.names = F))

几个月前我写了personal anecdote about my experience using this method。

根据我的经验，将数据直接拖入sqlite比将其读入R更快。但如果简单的read.csv（）或read.table（）适合您，则不值得使用额外的代码。

Answer 3

Aniko的评论几乎满足您的所有要求（以及header=TRUE）：

R> data <- read.table("test.table.1.0", header=TRUE)
R> data
  id Source
1  1    A10
2  2    A32
3  3    A10
4  4    A25
R>

换句话说，如果您有文件中的数据，请从文件中读取。如果您在数据“正确”的情况下以及您引用的电子邮件中的命令，则textConnection非常有用。

如何使用textConnection和库（sqldf）将文本文件读入R

3 个答案: