Question

如果满足某些值，我想生成一个字符串输出到列表中。我有一张看起来像这样的表：

grp      V1  V2  V3  V4  V5 V6 V7 V8 V9 V10 V11   V12   V13 V14 V15 V16 V17
1:   1 go.1 142 144 132 134  0  31 11  F   D  T   hy     al qe  34   6   3
2:   2 go.1 313 315 303 305  0  31 11  q   z  t   hr     ye er  29  20  41
3:   3 go.1 316 318 306 308  0  31 11  f   w  y   hu     er es  64  43  19
4:   4 go.1 319 321 309 311  0  31 11  r   a  y   ie     uu qr  26  22  20
5:   5 go.1 322 324 312 314  0  31 11  g   w  y   hp     yu re  44   7   0

我使用此功能生成所需的输出：

library(IRanges); library(data.table)
rangeFinder = function(x){  
  x.ir = reduce(IRanges(x$V2, x$V3))
  max.idx = which.max(width(x.ir))
  ans = data.table(out = x[1,1], 
             start = start(x.ir)[max.idx], 
             end = end(x.ir)[max.idx])
return(ans)}

rangeFinder(x.out)
          out start end
1:          1   313 324

我还想在rangeFinder的开始和结束输出之间生成一个包含字母（来自V9-V11列）的列表。

例如，输出应如下所示。

out
[[go.1]]
[1]     "qztfwyraygwy"

rangeFinder正在查看V2和V3列中的值并打印最长的数字匹配。请注意＆＃34; FDT＆＃34;即使rangeFinder从313-324（而不是142-324）产生输出，列表输出中也不包括该输出。如何获得所需的输出？

Answer 1

reduce有一个参数with.revmap来添加＆＃34;元数据＆＃34;列（可通过mcols()访问）到对象。这将每个缩小范围与映射到缩小范围的原始范围的索引相关联，作为IntegerList类，基本上是保证所有元素都是整数向量的列表。所以这些是你对

感兴趣的行

ir <- with(x, IRanges(V2, V3))
r <- reduce(ir, with.revmap=TRUE)
i <- unlist(mcols(r)[which.max(width(r)), "revmap"])

，数据字符串可以用类似

的方式来管理

j <- paste0("V", 9:11)
paste0(as.matrix(x[i, j, drop=FALSE]), collapse="")

最好在Bioconductor上提出有关IRanges的问题mailing list;无需订阅。

with.revmap是最近增加的便利论点;我想

h = findOverlaps(ir, r)
i = queryHits(h)[subjectHits(h) == which.max(width(r))]

是替代品。

根据满足的范围打印列表

1 个答案: